基金管理人合规部门的合规检查主要包括机构设置、交易制度、员工管理等各个方面是否符合相关规定，是对法律法规和公司制度落实情况的检查。
其中包括:(1)公平交易制度建设及执行情况，检查公平交易分析的方法及其有效性，是否存在违反公平交易的行为;公司管理的旗下不同性质基金账户之间，是否遵循了公平交易原则。
(2)公司员工特别是投资、研究人员及其配偶、利害关系人的证券投资活动管理制度是否健全有效，是否存在利用基金未公开信息获取利益的情况。
(3)基金公司投资决策的依据，以及公司的规定和投资决策流程是否有被突破。比如按照规定，每家基金公司基金经理的权限都有一定授权，在实际操作中，基金经理的授权是否有被突破，基金经理的买卖是否突破了股票库的管理。
(4)重大关联交易的执行情况，检查基金管理人运用基金财产买卖基金管理人、基金托管人及其控股股东、实际控制人或者与其有其他重大利害关系的公司发行的证券或承销期内承销的证券，或者从事其他重大关联交易的，是否遵循基金份额持有人利益优先的原则，是否存在利益输送的情况，是否履行信息披露义务等。
(5)公司是否独立运作;股东会、董事会、监事会是否有效制衡;董事、监事是否按照相关法律法规和公司章程的规定履行职责，特别是独立董事是否独立、客观、公正地发表意见;公司相关会议的原始会议记录及会议纪要是否真实、准确、完整，是否按规定存档。
(6)风险管理制度是否涵盖了不同风险控制环节;是否涵盖了对各类产品、业务的各类风险的管理;是否涵盖了基金运作及公司日常管理主要的业务风险，特别是投资风险、后台运营风险和信息技术系统风险等;是否建立了有效的子公司业务风险管理制度和母子公司业务防火墙制度、关联交易制度等，防范可能出现的风险传递、利益冲突和利益输送。
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