(l)该工程的合同工期为240天。
根据《水利水电工程标准施工招标文件》（2009年版），除合同另有规定外，解释合同的优先顺序中，协议书优先于招标文件，因此，合同工期应按协议书中的工期为准。
(2)施工单位、设计单位的做法不妥。
根据《水利水电工程标准施工招标文件》（2009年版）的有关内容，工程变更可以由发包人、监理机构提出，也可以由设计单位或承建单位提出变更要求和建议，报经发包人或由发包人授权监理机构按工程承建合同文件规定审查和批准。工程变更指令由发包人或发包人授权监理机构审查、批准后发出。因此，施工单位向设计单位提出变更建议不符合规定，设计单位向施工单位发出设计修改文件也不符合规定。
(3)根据《水利水电工程标准施工招标文件》(2009年版)，变更需要调整合同价格时，按以下原则确定其单价或合价：
①本合同《工程量清单》中有适用于变更工作的项目时，应采用该项目的单价；
②本合同《工程量清单》中无适用于变更工作的项目时，则可在合理的范围内参考类似项目的单价或合价作为变更估价的基础，由监理人与承包人协商确定变更后的单价或合价；
③本合同《工程量清单》中无类似项目的单价或合价可供参考，则应由监理人与发包人和承包人协商确定新的单价或合价。
(4)A最合理。
根据《水利水电工程施工合同和招标文件示范文本》(GF_2000—0208)有关规定，工程量清单中无适用于变更工作的项目时，则可在合理的范围内参考类似项目的单价或合价作为变更估价的基础。A与“跨河公路桥基础破碎岩石开挖”最为类似，因此认为A单价最为合理。
(5)检验费用支付申请和工期索赔不成立。
由于此事件是承包方施工质量不合格引起的。根据《水利水电工程标准施工招标文件》(2009年版)，由于承包方原因未能按合同进度计划完成预定工作，承包方应采取赶工措施赶上进度。若采取赶工措施后仍未能按合同规定的完工日期完工，承包方除自行承担采取赶工措施所增加的费用外，还应支付逾期完工违约金。
检验结果证明该材料或工程设备质量不符合合同要求，则应由承包方承担抽样检验的费用；检验结果证明该材料或工程设备质量符合合同要求，则应由发包方承担抽样检验的费用。
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