重大危险源控制的目的，不仅是要预防重大事故发生，而且要做到一旦发生事故，能将事故危害限制到最低程度。由于工业活动的复杂性，需要采用系统工程的思想和方法控制重大危险源。
(一)重大危险源的辨识登记、申报或普查
防止重特大事故的第一步是以重大危险源辨识标准为依据，确认或辨识重大危险源。国际劳工组织认为，各国应根据具体的工业生产情况制定合适的重大危险源辨识标准，该标准应能代表本国优先控制的危险物质和设施，并根据新的知识和经验进行修改和补充。
在开展重大危险源辨识登记的同时，要进行隐患排查工作，即查找和确认是否存在人的不安全行为、物的不安全状态和管理上的缺陷。如果重大危险源已产生隐患，则必须立即整改或治理，并按法规标准进行评审和验收。对受技术或其他条件限制，不能立即整改治理的重大事故隐患，必须在安全评价基础上，强化安全管理、监控和应急措施等风险控制措施。
通过重大危险源和重大事故隐患辨识登记、申报或普查，建立重大危险源和重大事故隐患数据库，使企业和各级安全监管部门掌握重大危险源和重大事故隐患分布、分类及其安全状况，使事故预防做到心中有数，重点突出。
(二)重大危险源安全(风险)评价
安全评价或称风险评价，是安全管理的基础和依据，是一项十分复杂的技术性工作，需要系统地收集设计、运行及其他与重大危险源和重大事故隐患有关的资料和信息。对重大危险源的关键部分，尤其应进行分析和评价，找出预防重点。应尽可能采用定量风险评价方法对重大危险源和重大事故隐患的危险程度、可能发生的重特大事故的影响范围进行分级。
企业应在规定的期限内对已辨识和评价的重大危险源向政府主管部门提交安全评价报告。如属新建的重大危险设施，则应在其初步设计审查之前提交安全预评价报告。
安全评价报告应根据重大危险源的变化，以及新知识和技术进展情况进行修改和增补，并由政府安全监管部门组织检查和评审。
(三)企业对重大危险源的监控和管理
企业对安全生产负主体责任。企业在重大危险源辨识和评价基础上，应对每一个重大危险源制定严格的安全监控管理制度和措施，包括检测、监控，人员培训、安全责任制的落实等。有条件的企业应建立实时监控预警系统，对危险源的安全状况进行实时监控，严密监视可能使危险源的安全状态向隐患和事故状态转化的各种参数的变化趋势，及时发出预警信息，将事故消灭在萌芽状态。
(四)应急救援系统
应急救援系统是重特大事故预防控制技术支撑体系的重要组成部分。企业应负责建立现场应急救援系统，定期检验和评估现场应急救援系统、预案和程序的有效程度，并在必要时进行修订。场外应急救援系统由政府安全监管部门根据企业上报的安全评价报告和预案等有关材料建立。应急救援预案应提出详尽、实用、清楚和有效的技术与组织措施。应确保职工和相关居民充分了解发生重特大事故时需要采取的应急措施，每隔适当的时间应修订和重新发放应急救援预案及宣传材料。
(五)土地使用与厂矿选址安全规划
政府主管部门应制定综合性的土地使用安全规划政策，确保重大危险源与居民区、其他工作场所、机场、水库及其他危险源和公共设施安全隔离。我国的工业化、城市化不能因为缺乏安全规划，走入“盲目建设→搬迁→再盲目建设→再搬迁”的恶性循环。企业应在厂矿选址、项目规划和设计、工厂布局设计等规划源头落实事故预防措施。
(六)重大危险源和重大事故隐患的监督监察根据重大危险源和重大事故隐患申报和普查、评价结果，按危险严重程度级别，建立基于GIs、GPS的国家、省、市、县四级重大危险源和重大事故隐患安全监管信息系统。突出重点，分级分类对重大危险源和重大事故隐患进行安全监督监察。
基于GIS和GPS的安全监管信息系统有助于企业和各级政府安全监管部门及时掌握重大危险源和重大事故隐患状况，制定相应的分级管理、监控、监管方案和措施。
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