南京医科大学继续教育的办学历史可追溯到1953年举办的全省临床医师培训班。六十多年来积极依托学校的学科、专业、师资等优势，立足江苏、服务行业，致力培养服务国家和江苏地方经济社会发展的复合型、应用型医学人才。
继续教育学院位于五台和江宁校区，作为学校继续教育事业的办学和管理机构，现有教职员工23名(含聘用人员)。下设学院办公室、教务办公室、自学考试、培训办公室和学生工作办公室等五个工作部门。
目前继续教育学院的办学形式由成人高等学历教育、高等教育自学考试和非学历教育所组成。成人高等学历教育开办8个本科专业，全省共设有10个合作教学点，在校学生9000多名(2017.09);高等教育自学考试主考社会自考5个专业，在籍考生30000余名，自考“专接本”工作运行良好，注册考生逐步增长;非学历教育培训主要是加强与行业主管部门合作，提供订单式服务培训，每年通过举办执业医师考试培训、住院医师规范化培训等项目培训学员2000余人。
“十二五”以来，学院紧紧按照“提高质量、重视品牌，扩大影响、多层办学”的要求，持续不断地加强内涵建设，稳步推进人才培养模式改革，加快数字化教学资源建设，提升学习支持与服务水平。成人高等学历教育和自学考试学生毕业率、学位授予率始终稳定在全省前列，为社会输送了大批合格的医疗卫生人才。
