根据《公司法》的规定，企业以非货币性资产投资的，应当对非货币性资产进行资产评估，以评估价作为投资额。但企业会计制度规定对以非货币性资产投资的，应以投出资产的账面价值加上应支付的相关税费作为投资的入账价值。如果涉及补价的，按以下方法确定换入投资的初始投资成本：
1.收到补价的，按换出资产的账面价值加上应确认的收益和应支付的相关税费减去补价后的余额，作为初始投资成本；
2.支付补价的，按换出资产的账面价值加上支付的补价和应支付的相关税费，作为初始投资成本。
税法上，对非货币性资产投资交易发生时，应将其分解为按公允价值销售有关非货币性资产和投资两项经济业务处理，应将非货币性资产的公允价值或评估价超过非货币性资产账面价值的差额确认当期所得。如果视同公允价值销售的所得数额较大，纳税有困难的，纳税人可以报经税务机关批准，可作为递延所得，在投资交易发生当期及随后不超过5个纳税年度内平均摊销到各年度的应纳税所得中。作为被投资企业可以按资产公允价值作为计税成本，对依法计提的折旧或摊销、结转的成本、费用允许税前扣除。
二、清产核资发生的资产评估增值
企业按国务院的规定进行清产核资或自行聘请社会中介机构进行的资产评估，在会计上，对评估增值的资产，一方面增加相应的资产价值，另一方面增加企业的资本公积，也就是说，会计上对评估增值部分不确认为企业的收益。按照成本核算的要求，对资产评估增值部分企业可以计提折旧和摊销费用。
在税法上：公司对资产评估增值既不属他人的捐赠，也不是企业实现的利润，也不属于《企业所得税条例》规定的应税收入。因此，对企业资产评估增值不应当并入应纳税所得额计算缴纳企业所得税。在折旧、费用的摊销上，纳税人的存货、固定资产、无形资产和投资等各项资产成本的确定应遵循历史成本原则。纳税人发生合并、分立和资本结构调整等改组活动，有关资产隐含的增值或损失在税法上已确认实现的，可按经评估确认后的价值确定有关资产的成本。也就是说，只有在企业改组活动中，企业将非货币性资产视为以公允价值销售和分配两项业务，并按规定计算财产转让所得或损失的情况下，资产的计税成本可以按评估价确认，由此计提折旧费用并允许税前扣除。除此之外，都应当遵照历史成本原则，即依照取得该项资产时的实际成本作为企业所得税的计税成本。
三、企业改组发生的资产评估增值
根据企业会计制度规定，企业合并、兼并、分立一般是按资产的账面价值加上应支付的相关税费作为被合并、分立方入账价值；合并、分立方的资产应当以公允价值作为入账的依据。
在企业所得税上，原则上应按公允价值转让、处置资产，计算资产的转让所得，依法缴纳企业所得税；接受资产方按公允价值作为计税成本。但根据（国税发[2000]118号）第四条（二）款规定：“如果企业整体资产转让交易的接受企业支付的交换额中，除接受企业股权以外的现金、有价证券、其他资产（以下简称”非股权支付额“）不高于所支付的股权的票面价值（或股本的账面价值）20%的，经税务机关审核确认，转让企业可暂不计算确认资产转让所得或损失。接受企业接受转让企业的资产的成本，须以其在转让企业原账面净值为基础确定，不得按经评估确认的价值调整。”但从2003年1月1日起，对支付现金不高于所支付的股权账面价值20%的，也可以按评估价值入账并可在税前扣除。因为国家税务总局在《关于执行企业会计制度需要明确的有关所得税问题的通知》（国税发[2003]45号）对此重新规定为：“符合《国家税务总局关于企业股权投资业务若干问题的通知》（国税发[2000]118号）第四条（二）款规定，转让企业暂不确认资产转让所得或损失的整体资产转让改组，接受企业取得的转让企业的资产的成本，可以按评估确认价值确定，不需要进行纳税调整。”国家税务总局之所以如此调整，是因为（国税发[2003]45号）规定：“符合《国家税务总局关于股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）和《国家税务总局关于企业合并分立业务有关所得税问题的通知》（国税发[2000]119号）暂不确认资产转让所得的企业整体资产转让、整体资产置换、合并和分立等改组业务中，取得补价或非股权支付额的企业，应将所转让或处置资产中包含的与补价或非股权支付额相对应的增值，确认为当期应纳税所得”。
