为了促进企业连锁经营的健康、有序发展，规范和加强企业连锁经营财务管理，财政部印发了《企业连锁经营有关财务规定》，结合《中华人民共和国增值税暂行条例》和财政部、国家税务总局《关于连锁经营企业增值税纳税地点问题》的通知等企业连锁经营有关增值税的会计核算简介如下：
同一地区和城市的连锁企业，实行“总部―分店”管理模式。总部对分店的商品配送，作为内部移库处理，统一核算值税。
举例：某服装销售连锁企业在同城有3家直销连锁分店，是小规模纳税人。1999年1月，3家分店销售情况，甲店实现销售收入312000元（含税）；乙店实现销售收入208000元（含税）；丙店实现销售收入104000元（含税），由总店计算、申报、缴纳增值税
销售额＝（含税销售额）÷（1＋征收率）＝（312000＋208000＋104000）÷（1＋4％）＝600000（元）
会计分录：
借：银行存款 624000 元
贷：应交税金―应交增值税 24000 元
商品销售收入 600000 元
借：应交税金―应交增值税 24000 元
贷：银行存款 24000 元
跨地区经营的直销连锁企业，可在非总部所在地区或城市设置地区总部，实行“总部―地区总部―分店”的管理模式的商品配送，作为销售处理，由总部统一核算，统一向总部所在地主管税务机关申报、缴纳增值税。
举例：某家电连锁总店，是增值税一般纳税人，有跨地区连锁店2个。1999年1月，总店购进500000元的家电，进项税用发票，已付款。由总店对跨地区连锁店配送商品，开具专用发票，其中：A店300000元，销项税金51000元；B店400000，销项税金68000元。总店统一计算、申报、缴纳增值税。
总店购进家电会计分录：
借：商品采购 500000 元
应交税金―应交增值税（进项税额） 85000 元
贷：银行存款 585000 元
总店对跨地区连锁店配送商品会计分录：
借：应收账款―A店 351000 元
应收账款―B店 468000 元
贷：应交税金―应交增值税（销项税额） 119000 元
商品销售收入 700000 元
总店缴纳增值税会计分录：
借：应交税金―应交增值税 34000 元
贷：银行存款 34000 元
备注：应交增值税＝119000－85000＝34000（元）
这里需要说明，跨地区经营的直销连锁企业，即连锁店的分店均由总部全资或控股开设，在总部领导下统一经营的连锁微机联网，实行统一采购配送商品，统一核算，统一规范化管理和经营，并经有关国税机关会同财政部门审批同意，可对总店向其所在地主管税务机关统一申报缴纳增值税。
自愿连锁、特许连锁，其纳税地点不变，仍由各独立核算分店分别向所在地主管税务机关申报缴纳增值税。
