在采用验货付款的情况下，可直接将专用发票退回销货方，由其重新开具专用发票，此后进行正常的账务处理即可。在采用验单付款的情况下，购货方应向其主管税务机关索取进货退出及索取折让证明单，转交销货方，并根据销货方开具的红字专用发票进行如下会计处理：
材料验收入库后，按扣除折让后的金额入账，并在将证明单转交销货方时：
借：原材料
应收账款——××（折让金额）
贷：在途物资
在收到销货方转来的折让金额红字增值税专用发票及款项后：
借：银行存款
应交税金——应交增值税（进项税额）（红字）
贷：应收账款
例：A公司购进的材料2000公斤，5元/公斤，增值税进项税额1700元，材料验收入库时发现质量不过关，经与销货方协商后同意折让10%.
购买时：
借：在途物资 10000
应交税金——应交增值税（进项税额） 1700
贷：银行存款 11700
材料验收入库后，按扣除折让扣的金额入账在将证明单转交销货方时：
借：原材料 9000
应交账款（折让金额） 1000
贷：在途物资 6000
在收到销货方转来的折让金额红字增值税专用发票及款项后：
借：银行存款 1170红字
应交税金——应交增值税（进项税额） 170红字
贷：应收账款 1000
3、外购材料短缺与损耗进项税额的会计处理
（1）材料损失若应由验收入库的材料承担，则运输途中的合理损耗，其进项税额可以抵扣。不需要做专门的账务处理。
（2）凡是属于运输单位造成的短缺或毁损的材料，应向运输部门索赔，其进项税额应作思索出。具体账务处理如下：
借：其他应收款
贷：应交税金——应交增值税（进项税额转出）
（3）凡属购入途中发生的非正常损失，其进项税额不得抵扣，应作转出处理。具体账务处理如下：
借：待处理财产损失
贷：在途物资
应交税金——应交增值税（进项税额转出）
（4）凡属由供货方造成的短缺，若对方决定在近期内予以补货，则短缺材料的进项税额暂时不得抵扣，需待补货入库后，再予以抵扣。如对方决定退赔货款，应按不同的情况比照销货退回进行处理。
4、投资转入及接受捐赠货物进项税额的会计处理
企业接受投资转入及接受捐赠的货物（固定资产除外），可以按照投资方或捐赠方提供的增值税专用发票上注明的增值税税额借记应交税金——应交增值税（进项税额）科目。
5、委托加工材料及接受应税劳务进项税额的处理
企业委托加工材料及接受应税劳务进项税额，可以按照受托方开具的增值税专用发票上注明的增值税税额借记应交税金——应交增值税（进项税额）科目。
