一、关于“三新”技术开发费用支出抵扣应纳税所得额问题
根据国家税务总局关于印发《企业技术开发费税前扣除管理办法》的通知，纳税人在一个纳税年度生产经营中发生的用于研究开发新产品、新技术、新工艺的各项费用，允许在交纳企业所得税前扣除。国有、集体工业企业及国有、集体企业控股并从事工业生产经营的股份制企业、联营企业发生的技术开发费比上年增长10%（含10%）以上的，经税务机关审核批准，允许再按技术开发费实际发生额的50%，抵扣当年度的应纳税所得额。为增加和扩大收入来源，事业单位尤其是科研事业单位的“三新”技术开发支出普遍较大，但事业单位却没有包括在内，不符合税法应该体现的纳税主体公平待遇原则和一致性原则。
1、从法律层次上讲，事业单位按照《事业单位社会团体民办非企业单位企业所得税征收管理办法》规定交纳所得税，而《事业单位社会团体民办非企业单位企业所得税征收管理办法》又是根据《中华人民共和国企业所得税暂行条例》制订的，事业单位作为一个具有独立民事权利和义务的事业法人，企业享受的待遇事业单位也应享受。
2、从税法体现的精神上讲，《企业技术开发费税前扣除管理办法》应该体现鼓励全社会进行技术创新、技术进步，增强社会发展的后劲。事业单位和其他纳税人根据事业发展需要自筹资金投入的研发支出，都应该予以抵免，以降低事业单位的纳税成本和提升事业单位的市场竞争力。
二、关于技术改造国产设备投资抵免所得税问题
为鼓励企业加大投资力度，支持企业技术改造，促进产品结构调整和经济稳定发展，国务院有关部委制定了《企业技术改造国产设备投资抵免企业所锝税暂行办法》，规定从1999年7月1日起，凡在我国境内投资于符合国家产业政策的技术改造项目的企业，其项目所需国产设备投资的40%，可从设备购置的当年比上一年新增的企业所得税中抵免。在税务部门的实际实施和管理过程中要求应用此政策的法人必须出具《企业法人营业执照》。当今时代是经济结构和产业结构飞速调整的时期，事业单位改制和事业单位企业化管理趋势都要求事业单位研发成果自身转化为实物产品生产时，需要较大规模的固定资产投资支出。此项规定明显带有计划经济的色彩，应该按照市场经济的规律，凡是有利于科技进步，促进生产力水平提高，投资于市场急需和社会发展的产业，都应享受此项税收抵免。
三、关于税收、会计制度确认收入原则问题
按照《事业单位社会团体民办非企业单位企业所得税征收管理办法》规定，事业单位、社会团体、民办非企业单位应纳税所得额的计算，以权责发生制为原则；在计算应纳税所得额时，其财务、会计处理方法同税收不一致的，应当依照税收规定计算纳税。
1、事业单位核算遵循的原则既有收付实现制，又有权责发生制，按照该办法的要求实行权责发生制进行应纳税所得额的计算，但并没有明确调整的具体项目和方法，由于事业单位的多样性和会计、税务人员对具体经济业务事项的判断及理解程度的不同，难免会造成事业单位与税务机关对同一经济业务的不同认识和处理意见。
2、对于上述两种方法计算事业收入的差异如果涉及以前年度应纳税所得额调整，该如何调整没有明确。例如事业单位对投资收益的计算按会计制度的要求收付实现制，当年收到的投资收益可能是以前年度，按权责发生制的原则不应交纳企业所得税。税法又没有明确要求按追溯调整法和未来使用法来进行核算企业所得税。
因此，有关事业单位税收与会计制度规定经济业务不同的处理方法形成的调整事项规定必须明确。
四、关于事业单位“修购基金”扣除问题
按照《事业单位社会团体民办非企业单位企业所得税征收管理办法》第九条规定，按照财务会计制度规定计提的修购基金，在计征企业所得税时不得在税前扣除。
事业单位固定资产更新改造主要依靠单位提取的修购基金解决，按照财务会计规定此科目登记按照规定计提的固定资产使用费、修理费和有偿转让固定资产的收入、固定资产报废后的残值收入；以及固定资产的购建和技术改造及修理的支出等。按照税法的规定，计提的修购基金在计征所得税时不得在税前扣除，固定资产修理费就不能在税前扣除，税法规定的不得扣除的项目是和生产经营无关的项目，但固定资产修理费是和生产经营密切相关的费用，不能在税前列支明显不符合税法的原则精神。如果固定资产的维修费总额超过计提总额，也应据实在税前列支。
因此应把固定资产修理费实际支出数（不按计提数）作为成本费用的一项允许在税前列支，如果固定资产的维修费总额超过计提总额也应据实在税前列支。但目前事业单位企业所得税申报表不含此项内容，应予补充完善。
五、关于税法和事业单位会计核算对事业项目拨款收入确认的区别问题
《事业单位社会团体民办非企业单位企业所得税征收管理办法》第四条要求事业项目收入要有财政部门、上级主管部门拨款证明才能准予扣除。但财务会计对项目周期长、跨年度的合同，对年度结算价款有困难的，依据事业项目收入和费用支出配比的原则，将年度事业成本实际支出数扣除财政补助收入应当冲减部分，加上本年度事业项目收益后确认为当年项目事业收入。这样就造成项目实际拨款和会计确认的项目收入之间产生差异，特别是项目的实际拨款远远小于项目的实际成本支出时。
国家拨付事业经费的项目超支金额，从税务的角度明显不能扣除。但对事业单位尤其对科研事业单位来说明显不合理，科研事业单位为了保证国家重点科研项目的自主知识产权和民族科技工业发展的需要，必须保证某些重点科研项目的研制成功，科研投入本身有许多不可预见的因素，国家在拨款的时候也不可能准确，因此事业经费尤其是国家立项的重点科研项目超支金额应据实扣除。
六、关于“投资收益”的填列问题
事业单位对外“投资收益”发生额应该填列在《事业单位社会团体民办非企业单位企业所得税征收管理办法》附件1《事业单位企业所得税纳税申报表》的第8行“收入总额－其他收入”项目内，其按照分配方所在地和收益方所在地的所得税税率差计算出的补税额可以在该表的第52行“加：境内投资收益补税额”填列。
对应税收入和非应税收入核算、以及应税支出和非应税支出核算能够划分清楚的事业单位没有影响。但是对采用分摊比例法的事业单位来讲将会影响应纳税所得额，因为按照该表设置“准予扣除的免征企业所得税收入项目金额”中不包括对外“投资收益”的发生额，而是作为“应税收入总额”成为计算事业单位应纳税所得额和成本费用分配的依据。这样的表内设置和处理不仅导致事业单位在赢利时应税收入重复计算，而且在事业单位应纳税所得额为负值（亏损）且绝对值大于投资收益时还要补缴由于计算投资收益分配方和收益方税率差形成的补税额，这显然是不合理的。
七、关于工资总额税前列支问题
《事业单位社会团体民办非企业单位企业所得税征收管理办法》第八条要求事业单位凡执行国务院规定的事业工作人员工资制度的，按照规定的工资标准税前扣除，事业单位、社会团体、民办非企业单位的工资制度和工资标准应报主管税务机关备案。工资、薪金支出是成本费用支出的重要内容，国外税收上是允许纳税人支出的工资、薪金在税前扣除的。我国会计制度也如此规定，但是有最高限额。因此在1994年税制改革时，考虑到企业的自我约束机制还不健全，我国的所得税制度还有待进一步完善，全民纳税意识还没有形成，为了控制企业过多的发放工资，避免造成税收的减少，因此，企业所得税条例规定了一个计税工资。目前，财政部和国家税务总局确定的计税工资月扣除最高限额是每人800元；对事业单位执行国家核定工资额度已内实际发放的工资允许在税前列支扣除。
当时制订所得税暂行条例的国内环境以及国际环境都已经发生了巨大变化，无论从市场经济出发，还是从国际惯例、规范税制、公平竞争的要求出发，工资薪金的支出都应据实扣除。在过去的10年里，税收法律体系的建立，特别是个人所得税法的实施，已经没有必要限制工资、薪金支出。
事业单位尤其是科研事业单位人力资源构成中高级知识分子所占比例较大，在知识经济飞速发展的今天，面对人力资源争夺日趋激烈的局面，工资薪金是事业单位吸引和挽留人才的重要手段。由于核定工资总额额度的限制，按照各地平均收入为主要依据核定的工资总额已经不能满足事业单位发展工资薪金发放的实际额度；为了科研、生产、经营的需要长期聘用的专家、临时工发放工资不能再税前列支扣除，增加了事业单位纳税支出和事业发展的负担，降低了事业单位利用资金的能力和效率，在一定程度上阻碍了事业单位市场竞争力的提高。
