企业长期股权投资的计税成本应当以为取得该项投资所付出的全部代价确定。全部代价包括现金、非现金资产公允价、所承担债务的公允价、所发行权益性证券的公允价，以及支付的相关税费（不含企业所得税），但不包括应自被投资单位收取的已宣告但尚未发放的现金股利或利润。由此可见，非同一控制下控股合并取得的长期股权投资的计税成本与会计成本基本相同。主要差异有：
1.非同一控制下企业合并发生的各项直接相关费用（资产评估费等）计入投资成本，税法规定，企业实际发生的咨询费、评估费等在发生的当期据实申报扣除。
2.通过多次交易分步实现的控股合并，长期股权投资的会计成本按上述规定处理，其计税成本为各次计税成本之和。被投资方用留存收益转增资本，视同投资方追加投资，也应计入计税成本处理。
3.财税〔1994〕83号规定，由于外商投资企业从其境内投资的企业取得的利润（股息），不计入本企业应纳税所得额，因此与该投资有关的可行性研究费用、投资贷款利息支出、投资管理费用等投资决策实施中的各项费用，不得冲减本企业应纳税所得额。根据该项规定，计入当期损益的投资费用，不得在税前扣除，应作纳税调增处理。这部分投资费用应当计入长期股权投资的计税成本，在处置该项股权时，一并扣除。
4.作为对价的存货已计提减值准备的，本期结转的存货跌价准备应当调减所得。
5.作为对价的固定资产、无形资产已计提减值准备的，在视同销售计算资产转让所得时，允许扣除的成本为剩余计税成本。剩余计税成本=固定资产、无形资产初始计税成本-已扣除的折旧额、摊销额。
例：A公司于20×5年3月以4000万元取得B公司30%的股权，因能够派人参与B公司的生产经营决策，对所取得的长期股权投资按照权益法核算并于20×5年确认对B公司的投资收益150万元(该项投资的初始投资成本与投资时应享有被投资单位可辨认净资产公允价值的份额相等)。20×6年4月，A公司又出资5000万元取得B公司另外30%的股权。假定A公司在取得对B公司的长期股权投资以后，B公司并未宣告发放现金股利或利润；A公司按净利润的10%计提盈余公积。
本例中A公司是通过分步购买最终取得对B公司的控制权，形成企业合并。在购买日，A公司应进行以下账务处理：
借：盈余公积 150000
利润分配——未分配利润 1350000
贷：长期股权投资 l500000
借：长期股权投资 50000000
贷：银行存款 50000000
税务处理：A公司取得该项投资的计税成本为首次出资计税成本与追加投资计税成本之和9000万元。本例会计成本与计税成本相同。
需要注意的是，如果首次投资是以成本法核算（对被投资单位不具有控制、共同控制或重大影响，并且在活跃市场中没有报价、公允价值不能可靠计量的权益性投资），并且是非现金资产交换方式取得，而且按成本模式计量，那么，其首次投资的会计成本与计税成本会存在差异，从而导致累计计税成本与会计成本之间存在差异。
