在对存货损失的处理上，会计制度规定：由于预见存货可能遭受损失或不合市价，出于会计上的“谨慎性”，企业在期末要计提“存货跌价准备”，但税法上不予认可。
对于正常的存货损失，会计处理等同于税法，在本年利润中直接扣除； 对于存货的非正常损耗主要有两种原因:（一）自然灾害损失；（二）因管理不善造成货物被盗窃、发生霉烂变质等损失。前者在扣除保险公司等赔偿后计入“营业外支出”，后者在扣除有关责任人员赔偿后计入“管理费用”。但是“自然灾害损失”，必须是“事前不可知、事中不可控、事后有证据”的损失。对于原因不明的损失，只能归于“管理不善”,计入“营业外支出”。
一、税收事项：
1、增值税：根据增值税条例，企业发生非正常损失的购进货物，其进项税额不得从销项税额中抵扣。如果企业在货物发生非正常损失之前，已将该购进货物的增值税进项税额实际申报抵扣，则应当在该批货物发生非正常损失的当期，将该批货物的进项税额予以转出。
2、所得税处理 对于计入“管理费用”的因“管理不善”造成的损失，因为属于责任单位管理上的原因，国家不可能因此而受税款的损失，因此这部分损失不能在税前扣除；而对于自然灾害造成的损失，不是企业主观原因造成的，根据国税发[1997]190号文件规定，纳税人在一个纳税年度内生产经营过程中发生的固定资产、流动资产的盘亏、毁损、报废净损失、坏账损失，以及遭受自然灾害等人类无法抗拒因素造成的非常损失，经税务机关审查批准后，准予在缴纳企业所得税前扣除。应该可以在税前扣除。也就是说，“管理费用”中存货的非正常损失，不能在税前扣除，须作纳税调增，而“营业外支出”中的损失，可在税前扣除，不用作纳税调整。
对盘亏的存货，扣除责任人赔偿后的余额部分，依据下列证据认定损失：存货盘点表，中介机构的经济鉴证证明，存货保管人对于盘亏的情况说明，盘亏存货的价值确定依据（包括相关入库手续、相同相近存货采购发票价格或其他确定依据），企业内部有关责任认定、责任人赔偿说明和内部核批文件；
对报废、毁损的存货，其账面价值扣除残值及保险赔偿或责任赔偿后的余额部分，依据下列证据认定损失：单项或批量金额较小的存货由企业内部有关技术部门出具技术鉴定证明，单项或批量金额较大的存货，应取得国家有关技术部门或具有技术鉴定资格的中介机构出具的技术鉴定证明，涉及保险索赔的，应当有保险公司理赔情况说明，企业内部关于存货报废、毁损情况说明及审批文件，残值情况说明，企业内部有关责任认定、责任赔偿说明和内部核批文件；
对被盗的存货，其账面价值扣除保险理赔以及责任赔偿后的余额部分，依据下列证据认定损失：向公安机关的报案记录，公安机关立案、破案和结案的证明材料，涉及责任人的责任认定及赔偿情况说明，涉及保险索赔的，应当有保险公司理赔情况说明。
二、会计处理：
企业对于盘亏的存货,根据“存货盘存报告单”编制如下会计分录:
借：待处理财产损溢──待处理流动资产损溢
贷：原材料
包装物
低值易耗品
库存商品等
对于购进的货物、在产品、产成品发生非正常损失引起盘亏存货应负担的增值税,应一并转入“待处理财产损溢”科目.
借：待处理财产损溢──待处理流动资产损溢
贷：应交税金──应交增值税(进项税额转出)
对于盘亏的存货应根据造成盘亏的原因,分别情况进行转账,属于定额内损耗以及存货日常收发计量上的差错,经批准后转作管理费用 。
借：管理费用
贷：待处理财产损溢──待处理流动资产损溢
对于应由过失人赔偿的损失,应作如下分录:
借：其他应收款
贷：待处理财产损溢──待处理流动资产损溢
对于自然灾害等不可抗拒的原因而发生的存货损失,应作如下分录:
借：营业外支出──非常损失
贷：待处理财产损溢──待处理流动资产损溢
对于无法收回的其他损失,经批准后记入“管理费用”科目
借：管理费用
贷：待处理财产损溢──待处理流动资产损溢
