根据税收法规规定，公司分支机构所得税的缴纳有两种形式：一种是分支机构独立申报纳税；另一种是分支机构集中到总公司汇总纳税。
采用何种形式纳税关键取决于公司分支机构的性质——是否为企业所得税独立纳税义务人。这样，受公司分支机构可能存在的盈亏不均、地区税率差别及资金控制等因素影响，不同缴纳方式会使公司当期及未来的整体税负水平产生较大的差异。
我国《企业所得税暂行条例》第二条规定，企业所得税的纳税义务人为实行独立经济核算的企业或组织。《企业所得税暂行条例实施细则》第四条又对独立经济核算的企业或者组织认定作了具体规定，即同时具备在银行开设结算账户，独立建立账簿和编制财务会计报表，独立核算三项条件的企业或者组织。在此项规定的前提下，我们有了选择分支机构独立性的可能，也具备了筹划所得税纳税方式的空间。
一般而言，汇总纳税优于独立纳税。在税收筹划中，为降低分支机构的独立性，汇总纳税由于往往会统一使用总部的银行账户进行结算，这样非常有利于总公司调度和控制各类资金，保持财务制度的统一性。
另外，若总公司适用较低所得税税率，而其分支机构计划设立在较高税率地区，汇总纳税会绝对减少公司所得税税负。但如果设立分支机构的地区适用优惠税率的话，独立纳税所带来的税负减轻就会更有效果。
