纳税筹划的风险，实质上就是纳税筹划活动因各种原因失败而付出的代价。具体来说，纳税筹划风险主要包括以下方面：一是决策者存在认识误区，片面认为纳税筹划是财务人员的事情，与其他部门无关，或认为只要与税务局的关系好，有事可以通过疏通摆平等，盲目操作，很容易形成纳税风险。二是不依法纳税的风险，即企业日常的纳税核算从表面或局部看是按规定操作了，但是由于对有关税收政策把握不到位，实质上形成偷税，从而遭受税务处罚。三是在系统性纳税筹划过程中对税收政策的整体性把握不够，形成纳税筹划风险。如在企业改制、兼并、分设过程中的纳税筹划涉及多种税收优惠，如果不能系统理解，就很容易出现筹划失败的风险。四是对有关税收优惠政策的运用和执行不到位的风险，如因“四残”人员比例不足而享受了福利企业优惠，因利用再生资源的比例不足而享受了有关环保方面的税收优惠等。
此外还有筹划成果与筹划成本得不偿失的风险，如对企业的情况没有全面比较和分析，或者筹划方向与企业的总目标不一致，从表面上看有成果，而实际上企业并没有从中得到实惠等。
纳税筹划风险是客观存在的，企业在进行纳税筹划时一定要树立风险意识，认真分析各种可能导致风险的因素，积极采取有效措施，预防和减少风险，避免落入偷税逃税的陷阱，从而达到纳税筹划的目的。具体防范措施包括：
第一，树立纳税筹划的风险意识，立足于事先防范。作为从事纳税筹划的专业人员首先要树立纳税筹划的风险意识，在接受委托时，要向委托人和接受筹划的纳税人说明纳税筹划的潜在风险，并在委托合同就有关风险问题签署具体条款，从而对风险有一个事先约定，减少可能发生的经济纠纷；在进行纳税筹划过程中，要注意相关政策的综合运用，从多方位、多视角对所筹划的项目的合法性、合理性和企业的综合效益进行充分论证。作为委托人和纳税人本身也要对纳税筹划的风险有正确的认识，应该缴的税还是要缴的，纳税筹划只能在一定的政策条件下，并且在一定的范围内发生作用，不能对其要求过高。
第二，及时、系统地学习税收政策，准确理解和把握税收政策的内涵。为了能够及时调节经济体现国家的产业政策，税收政策处于不断变化之中，纳税筹划从某个角度讲，就是利用税收政策与经济实际适应程度的不断变化，寻找纳税人在税收上的利益增长点，从而达到利益最大化。因此，进行纳税筹划就是要不断研究经济发展的特点，及时关注税收政策的变化趋势。此外，要注意全面把握税收政策的规定性，切勿抓住一点，不及其余，否则也会功亏一篑。事实上，全面、准确地把握政策是规避纳税筹划风险的关键。
第三，加强与当地税务机关的联系，充分了解当地税务征管的特点和具体要求。进行纳税筹划，由于许多活动是在法律的边界运作，纳税筹划人员很难准确把握其确切的界限，有些问题在概念的界定上本来就很模糊，比如纳税筹划与避税的区别等，况且各地具体的税收征管方式有所不同，税收执法部门拥有较大的自由裁量权。这就要求从事纳税筹划者在正确理解税收政策的规定性，正确应用财会知识的同时，随时关注当地税务机关税收征管的特点和具体方法。事实上，如果不能适应主管税务机关的管理特点，或者纳税筹划方案不能得到当地主管税务部门的认可，就难以体现它应有的收益。
第四，贯彻成本效益原则，实现企业整体效益最大化。企业在选择纳税筹划方案时，必须遵循成本效益原则，才能保证纳税筹划目标的实现，任何一项筹划方案的实施，纳税人在获取部分税收利益的同时，必然会为实施该方案付出纳税筹划成本，只有在充分考虑筹划方案中的隐含成本的条件下，且当纳税筹划成本小于所得的收益时，该项纳税筹划方案才是合理的和可以接受的。企业进行纳税筹划，不能仅盯住个别税种的税负高低，要着眼于整体税负的轻重。一项成功的纳税筹划方案必然是多种税收方案的优化选择的结果，优化选择的标准不是税收负担最小而是在税收负担相对较小的情况下，企业整体利益最大。另外，在选择纳税筹划方案时，不能把眼光仅盯在某一时期纳税最少的方案上，而应考虑服从企业的长期发展战略，选择能实现企业整体效益最大化的纳税筹划方案。
第五，借助“外脑”，聘请纳税筹划专家，提高纳税筹划的权威性和可靠性。纳税筹划是一门综合性学科，涉及税收、会计、财务、企业管理、经营管理等多方面知识，其专业性相当强，需要专业技能较高的专家来操作。因此，对于那些综合性的、与企业全局关系较大的纳税筹划业务，最好是聘请纳税筹划专业人士如注册税务师来进行，进一步降低纳税筹划的风险。
