财政部、国家税务总局《关于调整企业所得税工资支出税前扣除政策的通知》自2006年7月1日起，将企业工资支出的税前扣除限额调整为人均每月1600元。企业实际发放的工资额在上述扣除限额以内的部分，允许在企业所得税税前据实扣除；超过上述扣除限额的部分，不得扣除。对企业在2006年6月30日前发放的工资仍按政策调整前的扣除标准执行，超过规定扣除标准的部分，不得结转到2006年后6个月扣除。文件同时规定，各省、自治区、直辖市人民政府在不高于20%的幅度内调增计税工资扣除限额的规定停止执行。
二、允许扣除的公益救济性捐赠的计算基数的变化与方法调整
国税发[2006]56号文件明确规定：允许扣除的公益救济性捐赠的计算基数为申报表主表第16行“纳税调整后所得”，而旧申报表规定的计算基数是主表第42行“纳税调整前所得”。当主表第16行“纳税调整后所得”小于或等于零时，扣除限额为零，所有捐赠均不得扣除。同时该文件还规定，查补的应纳税所得额不得作为计算公益救济性捐赠税前扣除的基数。修订后的企业所得税纳税申报表是按照企业所得税应确定的收入总额减去会计上确认的除捐赠（包括公益性捐赠和非公益性捐赠）外的所有支出项目以及按照企业所得税的规定应确认的扣除项目的余额为“纳税调整前所得”，而后按照企业所得税的规定调增或调减所得额，捐赠是按照调整后的应纳税所得作为扣除的基数。因此，允许扣除的公益救济性捐赠的计算基数由纳税调整前所得调整为纳税调整后所得，其实质上也就是加大了纳税人的捐赠基数，对企业更加有利。
新申报表附表八《捐赠支出明细表》分别列示了按3%比例扣除、按1.5%例扣除、按10%比例扣除以及全额扣除等四种情况，在计算允许税前扣除的公益救济性捐赠时，应按照“分项不分户”的原则进行。具体计算公式为：
1.计算纳税调整后所得：纳税调整后所得=未扣除捐赠支出的会计利润（即纳税申报表主表中的第13行“纳税调整前所得”）+“营业外支出”科目列支的各种捐赠支出+纳税调增项目金额-纳税调减项目金额。
2.确定税前限额扣除公益救济性捐赠额：（1）扣除限额=纳税调整后所得×税法规定的扣除比例。（2）将扣除限额与实际支出数比较，按“就低不就高”的原则确定允许税前限额扣除的公益救济性捐赠额。
3.确定税前扣除公益救济性捐赠额：允许限额扣除的公益救济性捐赠额+允许全额扣除的公益救济性捐赠额。
4.确定应纳税所得额：应纳税所得额=纳税调整后所得-税前扣除的公益救济性捐赠额。
三、统一了广告费、业务招待费和业务宣传费等扣除限额计算基数
《企业所得税税前扣除办法》（国税发[2000]84号）中规定，广告费和业务宣传费的计算基数为销售（营业）收入，而业务招待费的计算基数为销售（营业）收入净额\[即销售（营业）收入扣除了销售退回、折扣与折让以后的“净额”修订后的纳税申报表规定：广告费、业务招待费和业务宣传费等扣除限额计算基数统一调整为“销售（营业）收入”；纳税人经营业务中发生的现金折扣计入财务费用，其他折扣以及销售退回，一律以净额反映在“主营业务收入”。可以看出，新申报表中的“销售（营业）收入”与原申报表中的“销售（营业）收入”相比，在内容上有一些变化：一是新申报表的销售（营业）收入由主营业务收入、其他业务收入和视同销售收入三部分组成；二是将“让渡资产使用权”列入了主营业务收入；三是无形资产转让收入及固定资产转让收入不再属于其他业务收入，而是作为“其他收入”；四是增加了视同销售收入的范围，将“处置非货币性资产收入”列入视同销售收入。
四、技术开发费加计扣除
2006年9月8日，财政部、国家税务总局颁布《关于企业技术创新有关所得税优惠政策的通知》（财税[2006]88号），文件规定：所有财务核算制度健全，实行查账征税的内外资企业、科研机构、大专院校（以下统称企业），全部按当年实际发生的技术开发费用的150%抵扣当年应纳税所得额，实际发生的技术开发费用当年抵扣不足部分，可按税法规定在5年内结转抵扣。修订后的申报表增加了附表九《技术开发费加计扣除额明细表》。旧申报表规定：研究开发费实际发生额的50%如大于企业当年应纳税所得额，可就其不超过应纳税所得额的部分，予以抵扣；超过部分，当年和以后年度均不再抵扣。因此，修订后的申报表对于技术开发费加计扣除力度加大，有利于降低企业税负，也给企业在利用技术开发费进行税收筹划提供了丰富的空间。
五、“弥补亏损”、“公益救济性捐赠”、“技术开发费加扣”税前扣除顺序明确
如果纳税人在同一个纳税年度内同时具有弥补亏损、公益救济性捐赠支出以及技术开发费加扣等扣除项目时，则必须注意计算扣除顺序。如果随意确定扣除顺序，则会产生完全不同的计算结果，但原企业所得税申报表未明确体现上述三项扣减项目顺序，造成实际执行过程中出现多种不同的扣除方法。新申报表逻辑关系中则明确列示：应纳税所得额=纳税调整后所得-弥补以前年度亏损额-免税所得+应补税投资收益已缴所得税额-允许扣除公益救济性捐赠额-加计扣除额。由此可见新申报表明确了“先补亏、后捐赠、再加扣”的计算扣除顺序，完全体现了最新所得税的政策要求。纳税人应严格按照新申报表规定的扣除顺序计算应纳税所得额及应纳所得税额，不得擅自调整上述三项费用的扣除顺序。
六、社会保障性缴款税前扣除限定
国税发[2006]56号文件对社会保障性缴款的税前扣除作了严格的限定。即对于纳税人当期已提取但未缴纳的社会保障性缴款以及超过税法规定范围和标准的社会保障性缴款均不得税前扣除。如果纳税人在财务上已计入当期费用，则必须在附表四《纳税调整增加项目明细表》中作纳税调整处理。同时附表五《纳税调整减少项目明细表》也增加了一个项目，即，“在应付福利费中列支的基本医疗保险和在应付福利费中列支的补充医疗保险”。此两项是填列纳税年度在应付福利费中实际列支的符合税收规定标准的基本医疗保险、补充医疗保险（超过税收规定标准部分不得纳税调减）。
综上所述，修订后的企业所得税纳税申报表在结构和内容上均发生了较大的变化，各表之间的勾稽关系更加明确，填报项目由原来的81行简化为35行，主表中的“收入总额”从14行简化为6行，方便企业纳税申报表的填写。从表面上看附表虽有所增加，但附表设计得细致、科学，实际上方便企业填写申报表。主表每个项目数字都有相应的附表对应，附表与主表的勾稽关系非常清晰；每张附表以所得税法为依据详细列示全部项目，不但规范企业申报表的填写，而且企业易学易用，如新增加的“免税所得及减免税明细表”（附表七）列示了所得税税法规定企业所有减免税的情形，企业只需按其所属类别填写即可。而旧申报表在主表中列示了企业减免税的六种情况，企业如果属于其他减免税的情况，只能自己附明细表，既不利于税收征管也给企业填写申报表造成了困难。总之，修订后的所得税纳税申报表体现了我国税制改革“简税制、宽税基、低税率、严征管”的原则，以及以人为本和依法治税的思想。
