根据行政事业单位的机构建制和经费领拨关系，行政事业单位的会计组织系统分为主管会计单位、二级会计单位和基层会计单位三级。
主管会计单位（简称“主管单位”），即向财政部门领报经费，并发生预算管理关系，有所属会计单位的会计单位。也就是说，主管会计单位直接向财政部门领报经费，有所属会计单位并向其所属会计单位转拨经费。
二级会计单位（简称“二级单位”），即向主管会计单位或上一级会计单位领报经费，并发生预算管理关系，有下一级会计单位的会计单位。也就是说，二级会计单位不直接向财政部门领报经费，而是向主管会计单位或上一级会计单位领报经费，有所属会计单位并向其所属会计单位转拨经费。
三级会计单位（也称“基层会计单位”）。即向上一级会计单位领报经费，并发生预算管理关系，没有下级会计单位的会计单位。向同级财政部门领报经费，没有下级会计单位的，视同基层会计单位。也就是说，不论是向财政部门领报经费，还是与主管会计单位或二级会计单位向上一级会计单位领报经费，只要没有所属会计单位的就是或者视同是基层会计单位。
以上的会计单位，都应建立独立的单位预算，实行比较完整的会计核算制度。不具备独立核算条件的，实行单据报账制度，作为“报账单位”管理。
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