三、应纳税额的计算
（一）计算应纳税额的时间限定
增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票，必须自该专用发票开具之日起90日内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额。
（二）计算应纳税额时进项税额不足抵扣的处理
根据税法规定，当期进项税额不足抵扣的部分可以结转下期继续抵扣。
（三）扣减发生期进项税额的规定
（四）销货退回或折让涉及到销项税额和进项税额的税务处理
对于纳税人进货退出或折让而不扣减当期进项税额，造成不纳税或少纳税的，都将被认定为是偷税行为，并按偷税予以处罚。
（五）向供货方取得返还收入的税务处理
自2004年7月1日起，对商业企业向供货方收取的与商品销售量、销售额挂钩（如以一定比例、金额、数量计算）的各种返还收入，均应按照平销返利行为的有关规定冲减当期增值税进项税金。应冲减进项税金的计算公式调整为：
当期应冲减进项税金＝当期取得的返还资金÷（1＋所购货物适用增值税税率）×所购货物适用增值税税率
商业企业向供货方收取的各种返还收入，一律不得开具增值税专用发票。
（六）一般纳税人注销时进项税额的处理
一般纳税人注销或取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。
（七）金融机构开展个人实物黄金交易业务增值税的处理
金融机构所属分行、支行、分理处、储蓄所等销售实物黄金时，应当向购买方开具国家税务总局统一监制的普通发票，不得开具银行自制的金融专业发票，普通发票领购事宜由各分行、支行办理。
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