企业对研究开发的支出应当单独核算，比如直接发生的研发人员工资、材料费，以及相关设备折旧费等。同时从事多项研究开发活动的，所发生的支出应当按照合理的标准在各项研究开发活动之间进行分配，无法合理分配的，应当计入当期损益。自行开发的无形资产，应予资本化的支出，在费用发生时，借记“研发支出”，贷记“银行存款”等。形成资产时，借记“无形资产”，贷记“研发支出”。
税法规定：对财务核算制度健全、实行查账征税的内外资企业、科研机构、大专院校等（以下统称企业），其研究开发新产品、新技术、新工艺所发生的技术开发费，在按规定实行100%扣除基础上，允许再按当年实际发生额的50%在企业所得税税前加计扣除。
企业年度实际发生的技术开发费当年不足抵扣的部分，可在以后年度企业所得税应纳税所得额中结转抵扣，抵扣的期限最长不得超过5年。
由于税法规定符合条件的技术开发费，除据实在税前扣除外，还可以按实际发生额的50%在税前扣除，企业实际进行账务处理时，按会计制度的规定执行，年末进行企业所得税申报时再做纳税调减。为了便于管理，企业应当设置“技术开发费抵扣台账”，以保证申报税前扣除的正确性。
例如：某科技有限公司2006年底接到一个订单，为国内某企业开发一种管理软件。为此，2007年初企业成立研发部门，招聘研发人员，开始该软件的研发工作，预计2009年能完成该软件的研发任务。假设2007年、2008年、2009年该企业的应纳税所得额分别为17万元、10万元、12万元，实际发生的技术开发费分别为10万元、38万元、18万元（假设不考虑其他纳税调整因素）。
会计处理：以2007年为例，2007年为研究阶段，实际发生研发费时，
借：管理费用100000
贷：银行存款100000
按照财税〔2006〕88号文件规定，该企业可以采用技术开发费加计扣除政策。
各年度技术开发费的抵扣情况是：2007年度实际发生技术开发费10万元，本年度允许加计抵扣5万元，抵扣后的应纳税所得额为12万元。
2008年度实际发生技术开发费38万元，但本年度只允许加计抵扣10万元，尚未抵扣的9万元，结转以后年度抵扣，财务上不做调整，只做纳税调整。
2009年度实际发生技术开发费18万元，但本年度可以抵扣12万元，其中包括本年度可以抵扣的技术开发费9万元，以及2008年度结转的技术开发费抵扣额3万元，截止到2009年度，2008年度未抵扣的技术开发费，尚有6万元仍要结转到以后年度抵扣。但是如果到2013年仍未抵扣完，就不能够再结转抵扣了。
鉴于企业会计制度和税法的目的、基本前提和遵守的原则有所不同，两者之间产生差异是必然的。在实际工作中，对于因会计和税法在收益实现、费用确认及资产、负债的确认上产生的各种差异，均应按如下两个基本原则处理：
1.进行会计核算时，所有企业应严格遵循《企业会计制度》及相关准则的要求，进行会计要素的确认、计量与记录，不得违反会计制度。
2.在完成纳税义务时，必须按照税法的要求进行，如会计账务处理与税法规定不一致，应按照税法的规定，采用相应的方法调整，完成纳税义务。
