分税制财政管理体制运行十几年来，中央财政虽然通过转移支付手段努力实现财政收入分配均等化，但由于制度安排指导思想定位的刚性，中央与落后地方在财政收入的初次分配关系上并没有发生根本变化，中央级收入仍占绝对比重，省以下尤其是县、乡财政收入规模很小，这既不利于调动地方自我发展的积极性，也不利于财政分配均等化目标的实现。
1.过于强调中央级收入占财政总收入的比重。分税制改革的指导思想是提高“两个比重”，增强中央财政的调整能力。基于这一思想，中央财政在制定分税制财政管理体制之初，将流转税的大部分，即消费税和75%的增值税确定为中央级收入。从实际情况看，中央财政通过分税制体制划分在形式上集中的收入，大部分通过税收返还又回到地方，集中的增量除用于中央级支出外，其余也通过转移支付、专项拨款等形式补助给各地，中央财政不过是过一下手而已。但是，正是由于这种形式的集中，使中央财政和中直部门的权力大大增强，加之很多专项拨款实行条条管理，遍布地方支出的方方面面，在很大程度上助长了地方“跑部钱进”等问题的发生。因此，就分税制财政体制来说，分税的形式无可厚非，关键是中央财政在调节财政均衡的手段上如何把握。在保证中央财力稳步增强的同时，既要有利于促进财政均等化目标的实现，还要有利于简化操作和财政资金的规范分配，避免部门和个人的权力过于集中，防止和杜绝腐败等问题发生。
2.税收返还政策实际继续照顾了富裕地区。分税制之初，为了确保中央级收入的稳定增长，国家确定了1：0.3系数返还的政策，即，以1993年地方上划中央“两税”为基数，超过部分中央财政按1：0.3系数给予增量返还，未完成上划基数的，相应扣减税收返还。这一政策，在分税制初期促进了中央级收入的稳定增长，保证了“两个比重”稳步提高。但是，由于1：0.3系数呈逐步缩小趋势，这一政策执行到现在，很多地方得到的中央增量返还已不到10%.也就是说，1994年地方上划中央“两税”增加1万元，中央财政返还地方0.3万元，而现在地方上划中央“两税”增加1万元，中央财政返还地方还不到0.1万元，严重挫伤了地方政府积极性。很多地方，尤其是基层，把主要工作精力都放在了地方税上。因此，国家应适时调整这一系数返还政策，研究对中西部地区实行1： 0.3“比例”返还，以调动落后地区自我发展的积极性。同时，中央对地方税收返还政策，基本上默认了起点上的不公平，财政收入增长快的东部沿海省份得到的财力继续增加，而中西部落后地区由于财政收入增长慢相应得到的财力没有较快增长，进一步拉开了中西部省份财力分配差距，暴露了财力分配机制的缺陷。
二、初始制度安排的内在缺陷
中国分税制改革中目前存在的一些问题，与行政体制改革滞后和经济体制改革不配套有直接关系。
1.行政体制改革滞后，削弱了分税制体制均富功效。财政体制改革以简约明晰的行政体制为前提。只有行政体制改革到位，才会有清晰的事权划分，才能建立合理的、规范的分税制财政体制。从西方国家分税制实践看，大多是三级政府，政府间事权和财权划分清晰明了，分税制财政体制运行通畅。而我国分税制改革，都是在五级政府的行政管理体制环境下实施的，而且中央一级就分去了财政收入的50%以上，省里多多少少再分一点后，市、县、乡三级政府基本上已无税可分，以至于在全国实行分税制多年后的今天，一些乡级财政仍然实行的是以往的包干体制。同时，财权层层上收，事权层层下移，转移支付链条过长，动摇了基层政府行使职权的物质基础。在我国各级财政，一个非常普遍的现象，就是下级政府经常要面对来自上级的财政管制。主要表现为“上出政策，下出资金”，支出政策在上，资金供应在下，上级政府制定统一政策，直接影响着下级支出规模和支出方向，影响着下级政府的预算平衡。根据财政分权基本要求，“一级政府，一级事权，一级财权，相对独立，自求平衡”。在既定的法制化的事权划分格局下，根据所承担的政府事权，各级政府具有决定政府支出规模及支出方向的权力。
2.经济体制改革不完善，财政没有真正从一般竞争性领域中退出来。自十一届三中全会以来，我国经济体制进行改革已走过近30年的历程，由计划经济到有计划的商品经济，并最终走向了社会主义市场经济。人们已充分认识到，市场机制是不以人的意志为转移的“看不见的手”，资源配置主要由市场主宰，可以满足人民日益增长的物质和文化生活需要，而且效率要比政府高得多。但是，由于我国经济体制改革尚未最终完成，一些地方国有企业及国有控股企业仍然担负着发展地方经济、提供财政收入的重任，加之一些地方长官追求政绩、上项目的热情很高，使财政很难从一般竞争性领域完全退出来。一些地方对一般竞争性领域的财政投入基本上没有获得回报。因此，从构建公共财政体制角度，财政资金应主要投向重大公益性项目和对经济发展具有全局性和战略性的非经营性基础设施项目。对培育新的经济增长点和带动产业升级的重大高新技术和技术改造项目，政府应通过财政补助、贴息或政策引导等方式吸引社会资金，使企业成为投资和创新主体。总之，财政投资要从一般竞争性领域中逐渐退出，重点支持和引导农业特别是农业基础设施和农业产业化建设，水利、交通、能源等基础设施建设，环境保护、基础教育、公共卫生等关系国计民生的公益事业，同时引导产业结构调整和升级，促进信息化及高新技术产业加快发展。
3.税收政策的制定和举债权力的集中，制约了地方经济发展。实行分税制后，所有税收政策的制定权和举债权都集中在中央，地方无权开设新的税种，更无权举债。但是，从这些年的实际情况看，由于税收政策过于集中，一些适合地方政府征收的税收，如遗产税等，迟迟无法出台，财政收入大量流失。“预算法”规定地方政府不能编列赤字预算，一些地方就把应该列支的支出挂起来，本来应落于纸面上的赤字却变成了隐性赤字。“堵不如疏”。中央在政策的制定上，应给予地方适当的自主权，不仅不影响国家政策的严肃性，也有利于加强管理。在特定情况下，探索允许地方编制赤字预算的可行性，将问题实事求是地摆在桌面上，既有利于争取上级财政的支持，也有利于增强自我发展的动力。
三、制度运行过程中存在的偏差
任何制度从制定到执行都需要一个过程，分税制财政体制也不例外。在这一过程中，由于政府间事权划分不明晰，转移支付制度不规范，加之我国正处于经济体制改革的过渡时期，农村税费改革的任务还很艰巨，难免出现执行偏差和各种遗留问题，影响分税制的完善。
1.事权划分不明晰，地方财政负担沉重。清晰的事权划分，是分税制财政体制划分财权的基础，也是实现财政分配均等化目标的前提。按照公共产品的层次性划分，全国性公共产品和事项应由中央政府负责；兼有全国性和地方性公共产品特征的事项应由中央和地方政府共同承担，并按具体项目确定分担的比例；中央政府负有直接或间接责任，但由地方政府提供更有利于提高效率的事项，应由地方政府负责，中央政府根据具体事项给予转移支付，帮助地方完成；其他地方性公共产品和服务，应由地方财政负责。如果中央的财权比例低于事权比例，就会削弱中央宏观调控能力，无力保证缩小地区间差距和正常履行国防、外交等全国性的公共事务；但如果中央的财权比例比事权比例高得太多，也会带来一系列的负面效应。从我国现阶段中央与地方事权和财权的构成比例来看，中央与地方财政收入的比例为55：45，而财政支出的比例却为30：70，其中公共服务支出的比例为46：54，已经非常不匹配。
2.转移支付制度不规范，影响财政分配均等化。由于现行分税制在中央与地方收入划分上没有根本性的变化，有指定用途且分配透明度不高的专项拨款有增无减，实现政府间财政分配均等化目标的重任落在了额度不大、分配办法逐步规范的一般性转移支付（2001年以前称为过渡期转移支付）身上，促使地方政府眼睛“向上”看，“跑部向钱”等不良现象仍继续存在。据统计，1999年以来，中央对地方转移支付的财政投入逐年增加： 2000年投入800亿元，2001年达到1000多亿元，2002年超过4025亿元，而2005年则达到7733亿元。中央财政转移支付越来越多，地方政府却越争相向国家有关部委要钱，其根源在于，中央转移支付的分配还不够透明，分配办法不够规范，大量资金分散掌握在中央相关部委。新时期提倡“财政均富”，重新划分与调配中央与地方的事权与财权，给地方政府相匹配的财权来有效保障事权，具有重要的现实意义。
3.省以下财政体制不健全，县、乡财政比较困难。其一，受中央与地方政府间事权划分不清、财权事权不统一的影响，省以下财政体制改革不可能在事权划分、支出结构调整上有突破性动作。地方政府明知许多支出项目与结构不合理，也无法进行必要的调整，支出规模也就压不下来，财政困难状况也就不可能从支出管理方面得到改善。其二，当前财税分家和国地税分设的局面，增加了地方财政工作的难度。财政部门对税务部门缺乏有效制约。税务部门与财政部门讨价还价的问题时有发生，地方财政预算的安排和执行难度加大。其三，省以下政府层级过多，政府间税源差异大，分税制无法给基层政府稳定的收入来源。中央与省级政府分税后，中央虽然留给省以下地方政府很多税种作为地方政府的固定收入，但这些税种中除营业税还算得上是主体税种外，其他税种不仅税基小、税源少，而且征收难度大、成本高，根本无法满足地方各项支出的需要。加之，省以下地方政府层级多，越是到基层，税源结构越不均衡，地区间收入差别越大，乡镇一级以致无税可分。
根据以上分析，“财政分配，和谐是目标，制度是保障，公平是导向，均等是手段”。辩证地、历史地认识我国分税制财政体制运行问题成因，探索实现“基本公共服务均等化”对策，进而达到有差异的“财政均富”目标，必须重新架构转轨时期的财政体制，把握制度安排的起点公平、调整过程公平、注重结果公平，切实解决好区域间财力分配差距过大、贫富分化严重问题，才能使民众共享经济社会发展成果。
