涉农专项资金管理和使用中的关联交易，是指涉农业务或资金主管部门（以下统称主管部门）与其关联方发生的有关财政涉农专项资金的立项争取、拨付、使用等环节而产生的经济交往活动。主管部门的关联方，以往主要是这些部门掌管资金分配权、项目审批权的个人或其家人、近亲开办的经济实体。最近几年来，由本部门全体干部职工出资入股成立的公司逐渐占据主导地位。无论其形式如何，这些关联的共同特征之一都是其经营活动内容在关联部门的行政职权范围内。它们之间的关联交易会严重影响到其他经济主体享受国家涉农专项资金补助、支持的公正性和公平性。
与此相关的财政涉农专项资金改革，是指财政专项资金根据项目、要支持发展与补助的涉农事业内容来确定投入的方向、资金数量等，而不再区分补助对象的经济所有制性质。如农业综合开发资金、财政扶贫资金等都是如此。这一重大政策调整，对于带动、吸引更多的社会资本投入到涉农产业、发展农村社会事业、带动农民致富，具有深远的影响和重大意义。但同时，也为关联交易大行其道打开了方便之门。
涉农专项资金中的关联交易违不违规？涉农专项资金检查和审计中遇到关联交易该如何处理？仅从关联交易的形式上，是不能贸然下结论的，因为现有的法律法规没有涉及这方面的规定。对关联交易的审计应该注重其实质性审核，即除了常规的检查程序外，还应该对其违规与否进行判断。但由于目前一方面缺乏客观、公认的定量判断标准；另一方面，缺乏法律法规依据，违规的判定没有法律效力，无法进行处理处罚。因此，当务之急是政府有关方面要采取多种措施，限制、规范涉农专项资金中的关联交易，谨防有关部门和个人通过关联交易的合法形式，将手中的行政职权转化成为本单位职工和利害关系人谋取私利的工具。在此，笔者建议从如下几方面着手：
一是尽快完善有关法律法规，做到“有法可依”。财政涉农专项资金中的关联交易，容易导致以权谋私，社会上对此很敏感，因此，法律法规应该对其进行界定和限制。尤其是关联交易中的违规行为由于表现形式、行为性质和影响的特殊性，更需要财经法规对其明确处理处罚措施，做到“有法可依”。
二是严格执行现有的各项涉农专项资金制度和管理办法，减少违规机会。各级政府应加强对涉农主管部门的领导和监督，督促项目公示制、招投标制、资金管理使用情况公示制等关键制度的落实，上级严格执行对下级的监督检查，严把对下级的验收关。
三是彻底清理机关干部出资入股开办的企业，严肃党纪。机关干部在本部门行政业务管辖范围内投资入投办企业，是典型的与民争利，会严重地扰乱社会主义市场经济秩序。各地应对前几年在“离岗创业”、“在岗兼业”热潮下兴起的机关干部入股办的企业进行清理。
四是提高对涉农专项资金中关联交易的审计关注度，服务领导决策。涉农资金审计中要注意搜索关联交易方面的信息、线索，将关联交易作为审计（调查）的重点。发现涉及关联交易的一般违规行为，应该在审计报告中予以披露，严重的关联交易违规行为，应移交纪检监察机关处理。同时，审计机关应注重总结、分析涉农专项资金中的关联交易的特征、规律，研究对策，及时向政府提交相关信息和管理建议，为领导决策服务。
