改革车船使用税和车船使用牌照税主要基于这样几点考虑：一是外资企业适用1951年原政务院发布的《车船使用牌照税暂行条例》，内资企业适用1986年国务院发布的《车船使用税暂行条例》，内外税制不统一，不符合简化税制与公平税负的要求。二是车船使用税和车船使用牌照税的征免税范围不尽合理。对自行车等非机动车和拖拉机征税，而对行政事业单位的车辆不征税，显然有失公平的原则，也不能体现国家的惠农政策及对弱势群体的照顾。三是税额标准几十年没有调整，明显偏低，收入规模太小，致使该税种的作用难以发挥。四是没有有效的控管手段，漏征漏管现象严重。
基于以上情况，车船税暂行条例根据我国目前车船拥有、使用和管理现状以及发展趋势，在分析车船税制存在的问题和总结现行征管经验的基础上，本着简化税制、公平税负、拓宽税基，方便税收征管的原则，对车船税的各税收要素作了全面的规定。与原车船使用税和车船使用牌照税相比，主要在以下方面进行了改革：
1、统一了各类企业的车船税制
条例将车船使用税和车船使用牌照税合并为“车船税”，统一适用于各类纳税人，包括外商投资企业、外国企业和外籍人员，解决了内外资企业车船税制长期不统一的问题。
2、由财产与行为税改为财产税
为了逐步建立适合我国国情的财产税制度，为地方财政提供较稳定的税收来源，并考虑到我国在机动车的使用环节已经征收养路费的情况，条例将过去在保有与使用环节征收的财产与行为税，改为在保有环节征收财产税,将纳税人由“拥有并且使用车船的单位和个人”改为“车辆、船舶的所有人或者管理人”。
3、适当提高了税额标准
原来的车船使用牌照税税额已有55年没有调整（1951年至今），而车船使用税的税额是按照车船使用牌照税的税额标准制定的，也已有20年没有调整（1986年至今）。为了使车船税的税额标准与经济发展水平相适应，并考虑目前对车船征税和收费情况，条例保持了原车船使用税税额幅度的下限，而将上限提高了1倍左右，如，载客汽车的上限由原来的320元提高到660元，载货汽车的上限由60元提高到120元。这样，为各地结合本地情况合理确定税额标准留下了一定的空间。
4、调整了减免税范围
按照公平税负、拓宽税基的原则，条例采取三种方式对车船税制的减免税范围作了调整：一是取消部分免税规定，对港作车船、工程船等经营性车船、国家机关、事业单位、人民团体等财政拨付经费单位的车船，以及趸船、浮桥用船不再规定免税；为了严格控制减免税，条例取消了对纳税确有困难的由省级人民政府予以定期减免税的规定。二是增加部分免税的规定，条例将非机动车船、拖拉机、捕捞和养殖渔船增列为免税车船，以减轻低收入群体的税收负担；为鼓励和促进发展城乡公共交通，条例还授权省级人民政府可以根据当地实际情况，对城市、农村公共交通车船给予定期减税免税。三是保留部分免税的规定，考虑到军队用车的特殊性和警务保障的需要，条例继续保留对军队、武警专用的车船和公安、司法等部门警用车船免税的规定；根据有关国际公约和我国相关法律法规，条例继续保留了对外交机构、国际组织及相关人员车船的免税规定，以遵循国际惯例，体现国家间对等的原则。
5、与有关法律法规相衔接，强化了税源控管的力度。
对车船征税具有涉及面广、税源流动性强、纳税人多为个人等特点，而税务部门又缺少有效的监控手段。过去，没有有效的控管措施一直是制约车船税收征管质量提高的重要因素。2006年7月1日，国务院颁布的《机动车交通事故责任强制保险条例》开始施行。该条例规定，在我国道路上行驶的机动车的所有人或者管理人，都应当投保机动车交通事故责任强制保险。对未参加机动车交通事故责任强制保险的机动车，机动车管理部门不得予以登记，机动车安全技术检验机构不得予以检验。该险种具有强制性的特点，保险范围与车船税的征税范围相近，《车船税暂行条例》将从事机动车交通事故责任强制保险业务的保险机构确定为机动车车船税的扣缴义务人，这就解决了长期以来困扰地方税务机关的车船税收征收实施环节控管无法律依据的问题，为基层税务机关加强车船税的征管，实现源泉控管，堵塞机动车车船税的征管漏洞提供了有效手段。
目前，各级税务机关正在按照国家税务总局的要求，积极贯彻落实新的车船税条例，与从事机动车交通事故责任强制保险业务的保险机构积极协商沟通，制定机动车车船税的代收代缴管理办法，不断加强车船税的征收管理工作。
