纳税人合并、分立是比较常见的现象，但对于符合条件的转型企业来说，将会影响新增增值税税额的基数的计算。《中部地区扩大增值税抵扣范围暂行办法》规定，现有纳税人发生下列情形的，纳税人应分别计算确定新增增值税税额的基数：1.纳税人与其他企业合并的，以纳税人和其他企业合并前上年同期应缴增值税累计税额之和为基数；2.纳税人分立为两个以上新企业的，如果新企业在中部六省老工业基地城市范围内，以新企业分立后的资产余额占分立前纳税人资产余额的比重与分立前纳税人上年同期应缴增值税税额的乘积为基数；3.纳税人改变企业名称的，以纳税人发生变更前上年同期应缴增值税为基数。
如某企业分立为A、B两家企业，且都在试点地区内，A企业资产余额占原企业的40%，原企业上年应缴增值税为1000万元，而分立后A企业当年应缴增值税为600万元，则A企业新增增值税税额为600-1000×40%=200万元。
试点地区纳税人当年准予抵扣的进项税额一般不超过当年新增增值税税额，当年没有新增增值税税额或新增增值税额不足抵扣的，未抵扣的进项税额应留待下年抵扣。如果当期固定资产进项税较大，而当期增量较小的话，就不能及时抵扣，在连年增量不大的情况下，甚至永远都不可能抵扣，这也是增量抵扣的局限性。
但分立、合并的有关规定给纳税人提供了一定的筹划空间，将是转型试点纳税人用足用活增量抵扣政策的重要措施，符合条件的企业，可以选择合并、分立企业的办法，实现进项税额的最大限度退税。企业在可能的情况下，可以合并增值税增长潜力大的企业，实现增值税的大增量，或者将增值税增长潜力大、占用资产比重小的分支机构分立出去，分出较小的基数，以实现后期购进固定资产进项税额尽量多的退税。
如某企业主要生产A、B两种产品，分别是两条完全独立的生产线，本年准备新上马C产品生产线，并投入使用。上年应缴增值税为2000万元，预测当年可以实现应缴增值税2500万元，增量为500万元，可扣除固定资产进项税限额为500万元。本年新增C产品生产线固定资产进项税为600万元。按现有状况，将有600－500＝100万元不能当年扣除。
经过对企业的资产结构进行分析，发现生产A产品的生产线占30%的资产，增值潜力大，本年可实现增值税1500万元；生产B产品的生产线占70%的资产，增值潜力小，本年仅可实现增值税1000万元。
如果将企业进行分立，由增值潜力大的30％的资产和增值潜力小的70％的资产各成立一家企业，C生产线则由增值潜力大的新公司购进。则有如下的计算结果，30％的资产新分立企业当年计算增量为1500－2000×30%＝900万元，当年新增固定资产进项税600万元，小于增量，可以当年全部扣除。另外70％的资产新分立企业当年计算增量1000－2000×70%＝－400万元，因没有固定资产购进，也不用考虑抵扣问题。
与分立相反，如果企业存在没有增量或者增量较小而本期又有较大金额的固定资产购进时，可以采取合并措施，与增量较大而固定资产购进较小的企业通过合并来实现固定资产进项最大限度的抵扣。
