1、两者概念的区别：
①“股权转让”是公司股东依法将自己的股东权益有偿转让给他人，使他人取得股权的民事法律行为，最终会导致股东发生变化。例如某公司的股东甲某将拥有该公司的全部股权50万元转让给乙某，那么该公司注册资本不变，只是股东的构成发生了变化。
②“投资企业撤回或减少投资”，则专指投资企业通过清算、退股方式从被投资单位撤回或减少长期股权投资。例如2010年A、B、C三家公司各出资500万成立甲公司，甲公司的注册资本为1500万元。如果2011年5月A公司撤回投资，不考虑其他因素的情况下，则甲公司的注册资本由原先的1500万元变为1000万元，股东由三个变为两个，即B、C两家公司；如果2011年5月A公司通过退股的方式减少投资300万元，则股东组成不变，注册资本变为1200万元。
2、两者计算的区别：
①股权转让所得：《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函〔2009〕698号）规定，股权转让所得是指股权转让价减除股权成本价后的差额。
股权转让价是指股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币资产或者权益等形式的金额。如被持股企业有未分配利润或税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，不得从股权转让价中扣除。股权成本价是指股权转让人投资入股时向中国居民企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。
例如：2010年3月A公司购入B公司股权1000万，2012年5月A公司将拥有B公司股权的80%以1200万元的价格出售，那么A公司的股权转让所得为400万元（1200—1000*80%）。
②投资企业从被投资企业撤回或减少投资，其取得的资产中，相当于初始出资的部分，应确认为投资收回；相当于被投资企业累计未分配利润和累计盈余公积按减少实收资本比例计算的部分，应确认为股息所得；其余部分确认为投资资产转让所得。
例如：2008年A公司出资500万元投资B公司，占B公司总注册资本的30%。2011年3月经股东会决议，A公司撤回投资，A公司分得资金800万元，截至2011年3月B公司累计未分配利润和累计盈余公积350万元。因此A公司分得的800万元分为三部分：500万元为投资收回；股息所得105万元（350×30%）；投资资产转让所得195万元（800－500－105）。
