1．对小型商贸企业，主管税务机关应根据约谈和实地核查的情况对其限量限额发售专用发票，其增值税防伪税控开票系统最高开票限额不得超过l万元。专用发票的领购实行按次限量控制，主管税务机关可根据企业的实际年销售额和经营情况确定每次的专用发票供应数量，但每次发售专用发票数量不得超过25份。
2．对商贸零售企业和大中型商贸企业，主管税务机关也应根据企业实际经营情况对其限量限额发售专用发票，其增值税防伪税控开票系统最高开票限额由相关税务机关按照现行规定审批。专用发票的领购也实行按次限量控制，主管税务机关可根据企业的实际经营情况确定每次的供应数量，但每次发售专用发票数越不得超过 25份。
3．企业按次领购数量不能满足当月经营需要的，可以再次领购，但每次增购前必须依据上一次已领购并开具的专用发票销售额的4％向主管税务机关预缴增值税，未预缴增值税税款的企业，主管税务机关不得向其增售专用发票。一
预缴的增值税可在本期增值税应纳税额中抵减，抵减后预缴增值税仍有余额的，应于下期增购专用发票时，按次抵减。
(1)纳税人发生预缴税款抵减的，应自行计算需抵减的税款并向主管税务机关提出抵减申请。
(2)主管税务机关接到申请后，经审核，纳税人缴税和专用发票发售情况无误，且纳税人预缴增值税余额大于本次预缴增值税的，不再预缴税款可直接发售专用发票；纳税人本次预缴增值税大于预缴增值税余额的，应按差额部分预缴后再发售专用发票。
(3)主管税务机关应在纳税人辅导期结束后的第一个月内，一次性退还纳税人因增购专用发票发生的预缴增值税余额。
4．对每月第一次领购的专用发票在月末尚未使用的，主管税务机关在次月发售专用发票时，应当按照上月未使用专用发票份数相应核减其次月专用发票供应数量。
5．对每月最后一次领购的专用发票在月末尚未使用的，主管税务机关在次月首次发售专用发票时，应当按照每次核定的数量与上月未使用专用发票份数相减后发售差额部分。
6．在辅导期内，商贸企业取得的专用发票抵扣联、海关进口增值税专用缴款书和废旧物资普通发票以及货物运输发票要在交叉稽核比对无误后，方可予以抵扣。
7．企业在次月进行纳税申报时，按照一般纳税人计算应纳税额方法计算申报增值税。如预缴增值税税额超过应纳税额的，经主管税务机关评估核实无误，多缴税款可在下期应纳税额中抵减。
(四)转为正常一般纳税人的审批及管理
1．转为正常一般纳税人的审批。
纳税辅导期达到6个月后主管税务机关应对商贸企业进行全面审查，对同时符合以下条件的，可认定为正式一般纳税人。
(1)纳税评估的结论正常；
(2)约谈、实地查验的结果正常；
(3)企业申报、缴纳税款正常；
(4)企业能够准确核算进项、销项税额，并正确取得和开具专用发票和其他合法的进项税额抵扣凭证。
凡不符合上述条件之一的商贸企业，主管税务机关可延长其纳税辅导期或者取消其一般纳税人资格。
2．转为正常一般纳税人的管理。
商贸企业结束辅导期转为正式一般纳税人后，原则上其增值税防伪税控开票系统最高限额不得超过l万元，对辅导期内实际销售额在300万元以上、并且足额缴纳了税款的，经审核批准，可开具金额在10万元以下的专用发票。对于只开具金额在1万元以下专用发票的小型商贸企业，如有大宗货物交易，可凭国家公证部门公证的货物交易合同，经主管税务机关审核同意，适量开具金额在l0万元以下专用发票，以满足该宗交易的需要。
大中型商贸企业结束辅导期转为正式一般纳税人后，其增值税防伪税控开票系统最高限额由相关税务机关根据企业实际经营情况按照现行规定审核批准。
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