企业研究开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，可以在计算应纳税所得额时加计扣除。其中，直接计入当期损益的，在据实扣除的基础上，按研究开发费用的50%加计扣除；资本化处理后形成无形资产的，按照无形资产成本的150%摊销。准确把握该项政策，并与现行企业所得税其他政策有机结合，可以更好地发挥优惠政策的作用。
一、亏损企业也应积极申请加计扣除
根据税法规定，企业纳税年度发生的亏损，可以用以后五个年度的所得弥补。亏损后转弥补，可以抵减以后五年的应纳税所得额，以后年度不缴或少缴税。在税务管理中发现，部分企业由于研究开发新产品、新技术、新材料等活动投入较大产生亏损，并未积极申请加计扣除优惠政策，原因是其认为亏损状态下申请加计扣除没有必要。其实，这些企业只关注正常经营亏损后转弥补的利益，却忽视了加计扣除可以加大亏损，带来更大的抵减效应。《国家税务总局关于企业所得税若干税务事项衔接问题的通知》（国税函[2009]98号）对原亏损企业加计扣除结转抵扣政策进行了调整，规定加计扣除部分所形成的亏损可以用以后五年的所得弥补。加计扣除属于税法与会计核算不一致所产生的一项可抵减永久性差异。例如，某企业当年研究开发费用支出为200万元，未加计扣除前的亏损额为500万元，如果申请享受了加计扣除优惠，则亏损额扩大到600万元（500＋200×50%），因加计扣除而增加了100万元（200×50%）亏损额。因此，企业即使正常经营活动产生亏损，也应积极申请加计扣除，这样可以抵减以后年度更多的应纳税所得额，从而减轻以后年度的所得税负担。
二、加计扣除优惠可与其他税收优惠政策叠加使用
企业所得税法中除了明确加计扣除优惠政策外，还设置了诸如高新技术企业低税率优惠、加速折旧、技术转让所得减免等其他扶持企业自主创新、促进科技进步的税收优惠政策。而且，为了充分发挥税收优惠政策的调节作用，税法还规定对于税收优惠政策存在叠加时，企业无需选择最优惠的政策，可以同时申请享受各类优惠政策。但部分企业缺乏统筹考虑，往往只选择其中一项最优惠的政策执行，不能综合应用有利于减轻税收负担的整体优惠政策，导致税收负担加重。特别是高新技术企业，其认定条件之一就是必须开展研究开发活动，产生一定金额的研究开发费用支出。但是部分高新技术企业只享受了15%的低税率优惠，而不主动申请加计扣除优惠，从而多缴了税款。以某高新技术企业为例，当年研究开发费用支出为200万元，未加计扣除前的应纳税所得额为1000万元，应纳税额为150万元（1000×15%）；如果享受加计扣除优惠，由于增加扣除金额可以直接缩小税基，在税率不变的情况下，企业只需缴纳所得税135万元［（1000－200×50%）×15%］。因此，当加计扣除优惠与其他优惠政策叠加时，企业应充分利用加计扣除优惠，从而获取更多的税收利益。
三、灵活处理征税或不征税收入
为了鼓励企业研究开发高端技术项目，弥补国内产品、技术空白，国家对于部分企业从事的研究开发项目提供财政扶持资金，资助企业从事研究开发。根据《财政部国家税务总局关于专项用途财政性资金有关企业所得税处理问题的通知》（财税[2009]87号）规定，对企业在2008年1月1日至2010年12月31日期间从县级以上各级人民政府财政部门及其他部门取得的财政性资金，凡符合规定条件的，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除。政策同时规定，不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除；用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。企业在收到拨付的用于研究开发补助的财政性资金时，要根据实际情况灵活处理，综合考虑加计扣除优惠，分析纳入征税收入还是不征税收入哪种受益更大。例如，企业取得政府扶持研究开发的财政性资金400万元，全部用于研究开发费支出，企业将财政性资金纳入不征税收入管理，当年应纳税所得额为1000万元。如果企业将财政性资金作为征税收入管理，在增加收入400万元的同时，相应地增加扣除400万元，则企业的应纳税所得额仍为1000万元（1000＋400－400）。但是，由于400万元用于研究开发费用的支出可申请加计扣除，则应纳税所得额减为800万元（1000＋400－400－400×50%）。相比之下，财政性资金纳入征税收入更有利于该企业。
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