隐性激励没有既定的激励标准，结果又不予公开，使得隐性激励具有天然的特性和优势：
避免破坏和谐氛围：中国人常常有“不患寡而患不均”的心理。薪资差距鲜明强烈的对比会使得员工的心理落差加大。运用隐性激励的方式，客观上既能够拉大员工的薪资收入、激励骨干员工，又由于标准不公开、奖励名单不公布，能够避免低薪者产生心理不平衡，从而维护了组织的和谐氛围。
激励标准灵活调整：由于隐性收入没有统一的标准，因此激励的标准可以灵活调整，从而最大限度的激励骨干员工和业绩突出者。例如某高科技集团公司，在发放技术重奖的时候，只需要管理者集体评议，主观决策即可，不必受制于制度条文等。激励的标准，可以确定为500元，也可以确定为10万元，标准不一；每次发放条件和标准也不固定，应用起来非常灵活。
但是隐性激励在激励效果上，也并非一“隐”就灵。隐性激励也存在明显的副作用：
激励效果有局限：激励往往产生于组织对人员贡献的公开认可，对绩效差异的不同奖惩。由于“隐性”的束缚，绩佳员工能够得到奖金的激励，却不能够得到公开的荣誉；能够清楚自身的奖励情况，却不清楚奖励的标准以及与他人的对比，从而使得努力前进的方向变得模糊。总之，这种隐性激励的效果模糊，既不能有效激励绩优者，也不能有效激发绩差者。
价值导向不明确：对组织而言，激励的重要作用之一，是通过树立标竿、奖励绩优，来明确公司鼓励的行为，传递组织倡导的价值导向。但隐性激励的特性使得组织能够传递的信息幅度非常有限，甚至连被激励者本人都不清楚具体的激励标准。
激励公平被质疑：“公平、公开、公正”是对激励程序的基本要求。隐性激励的“不公开”必然导致员工对其公平性、公证性的质疑，当这种激励广泛应用的时候，激励的“三公”原则必然首当其冲遭到挑战，一旦“三公”原则遭到挑战，隐性激励相对于显性激励，对组织和谐氛围的破坏性更强。
完善的激励体系应该本着“公平、公开、公正”的原则，有效传递组织的价值导向，鼓励绩优员工，而这些显然是隐性激励体系不具备的。隐性激励机制往往是在显性激励机制存在明显不足，而显性激励体系又不能在短时间内得到完善的情况下，产生的一种激励骨干人才、奖励绩优员工的方式。隐性激励体系的突出缺陷决定了隐性激励体系不可能长期存在，任何组织都应谨慎使用。随着显性激励机制的不断优化，建议逐步取消隐性激励机制，代之以相对完善的显性激励机制。
