交通运输工程监理工程师在申请办理注册专业时，根据当时报名考试的专业类别(公路工程、水运工程)及从事公路、水运工程监理相关工作，选择确认注册公路工程或水运工程专业类别。
监理工程师报名分为土木建筑工程、交通运输工程、水利工程三个专业。住房和城乡建设部、交通运输部、水利部按专业类别分别负责监理工程师注册及相关工作。
注册监理工程师分专业，监理工程师职业资格考试专业科目分为土木建筑工程、交通运输工程、水利工程3个专业类别，考生在报名时可根据实际工作需要选择。其中，土木建筑工程专业由住房和城乡建设部负责;交通运输工程专业由交通运输部负责;水利工程专业由水利部负责。
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1、住房和城乡建设部牵头组织，交通运输部、水利部参与，拟定监理工程师职业资格考试基础科目的考试大纲，组织监理工程师基础科目命审题工作。
住房和城乡建设部、交通运输部、水利部按照职责分工分别负责拟定监理工程师职业资格考试专业科目的考试大纲，组织监理工程师专业科目命审题工作。
人力资源社会保障部负责审定监理工程师职业资格考试科目和考试大纲，负责监理工程师职业资格考试考务工作，并会同住房和城乡建设部、交通运输部、水利部对监理工程师职业资格考试工作进行指导、监督、检查。
2、人力资源社会保障部会同住房和城乡建设部、交通运输部、水利部确定监理工程师职业资格考试合格标准。
3、住房和城乡建设部、交通运输部、水利部按照职责分工，制定相应监理工程师注册管理办法并监督执行。
4、住房和城乡建设部、交通运输部、水利部按专业类别分别负责监理工程师注册及相关工作。
5、经批准注册的申请人，由住房和城乡建设部、交通运输部、水利部分别核发《中华人民共和国监理工程师注册证》(或电子证书)。
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交通运输工程监理工程师在申请办理注册专业时，根据当时报名考试的专业类别(公路工程、水运工程)及从事公路、水运工程监理相关工作，选择确认注册公路工程或水运工程专业类别。
其中，选择注册公路工程专业类别的，可以从道路与桥梁、隧道工程、公路机电工程 3个注册专业中，选择注册2个专业;选择注册水运工程专业类别的，可以从港口工程、航道工程、水运机电工程3个注册专业中，选择注册2个专业。
