市场环境劣势公平竞争机制尚未形成，这已成为阻碍我国企业发展的客观因素之一。国内水利水电工程咨询业存在条块分割、政企不分等现象，咨询业受部门、地域影响较大，这导致两种不良后果：一是原本咨询任务已比较饱满的咨询公司出于种种考虑，即使自己的人力物力不够也不断承揽咨询业务；二是由于行业或地区投资减少，有些公司承揽的咨询任务严重不足。此外，我国工程咨询业在国际市场上所占的份额很小，水利水电工程咨询业所占的份额更小，咨询服务对象主要集中在亚洲、非洲等少数国家和地区，很少进入欧、美、日等发达国家和地区。
人力资源劣势具备全面业务知识和能力的咨询人员较少。许多水利水电工程咨询业执业人员素质偏低，缺少既懂工程技术，又熟悉国际贸易规则、懂外语和财会制度，并具有丰富经验、具有良好职业道德的复合型人才。
机制劣势从外部机制看，水利水电工程咨询企业不应隶属或依附于任何有关单位，但我国很多水利水电工程咨询公司实质上仍隶属于政府部门或事业单位，显而易见，其服务的客观性、公正性令人置疑。从内部机制看，一些公司的业务主要靠计划或行政分配，企业员工的考核、激励机制尚未健全，报酬普遍较低。
咨询服务范围劣势美国工程咨询企业的服务范围很广，既可提供从工程立项、可研、设计、施工等全过程的服务，又可就某一具体问题提供服务；既可为业主提供服务，也可以为设计、施工、政府等提供咨询服务。相比之下，我国企业可以提供的咨询服务范围要小得多，导致水利水电工程咨询公司很难承揽水利水电以外的工程。
咨询企业品牌劣势我国水利水电工程咨询企业缺乏知名品牌，普遍存在规模较小、业务单一、业务区域分割严重等缺点。
社会认同度劣势在发达国家，工程咨询业务人员大多是工程领域的精英，属于高智力复合型人才，并能从其智力服务中获得与其知识价值相符的高报酬。然而，我国的水利水电工程咨询还没有得到社会和政府应有的认可，最具代表性的是行业一直呼吁的提高收费问题。从长远看，低报酬不可能提供稳定的优质服务，也不可能培育出高水平的行业队伍。
培育完善的咨询服务体系从服务过程看，咨询业应能够提供工程项目全过程的咨询服务。条件比较成熟的企业应积极开展项目可行性研究、设计阶段的监理以及工程招标投标代理等业务。从服务对象看，咨询企业应为项目法人、设计、施工单位等提供服务，比如承担诸如施工图设计审查等咨询服务。在大力培育规模大、资金足、业务范围全面的各类项目管理咨询公司的基础上，鼓励监理单位、招标代理机构等专业性咨询单位的存在。为此，要建立一批项目管理总承包公司，与各专业咨询公司共同形成我国水利水电工程咨询服务体系。
建立和完善现代企业制度要明确企业产权关系，强化企业管理。建立起公司内部有效的激励机制、合理的分配制度和各项管理制度，明确公司职责，建立健全质量管理体系，提高服务质量。
加大人才培养力度人力资源开发是发展水利水电工程咨询业的重要战略，对于企业的骨干力量，每年都应进行在职培训。建立留住人才、吸引人才的奖励、激励机制，在工资、福利待遇等方面向优秀员工倾斜，防止人才流失。
充分发挥政府及行业协会的作用政府及行业协会需做好扶持和监管两方面的工作。一方面通过税收优惠政策、提供信息和加强指导等方面扶持咨询企业的发展；另一方面要逐步建立健全工程咨询方面的法律法规，加大对各种违规行为的检查与处罚力度。
创建名牌咨询企业在水利水电工程咨询业发展初期，重点扶植一批优秀咨询单位，通过整合、兼并等手段使其发展壮大，成为具有国际竞争力的大型工程咨询企业。开展创建名牌咨询公司活动，促进社会经济资源的优化配置，尽快使水利水电工程咨询业步入健康有序发展的良性轨道。
组建“专业项目法人”“专业项目法人”代建机构带有中介咨询性质，通过委托或招标方式承担工程建设管理工作。从目前实践及未来需求看，“专业项目法人”代建机构应向两个方向分化：一是发展为工程建设领域政府集中采购机构；二是发展为社会中介机构。
跨行业经营各水利水电工程咨询单位应突破行业限制，实施跨行业经营战略。
规范工程咨询行为相关部门要加强工程咨询行业法律法规建设，使我国工程建设微观管理体制形成一个由项目法人、咨询单位、承包主体构成的稳定、规范的三元结构体系，使咨询成为法定程序。此外，还应规范建设项目各阶段的咨询服务内容。
