设立专职招标投标管理机构，主要还有以下优点。
第一，使招投标管理工作制度化、经常化、专业化。招标是一项复杂的系统化工作，有完整的程序，环节多，专业性强，专职的招投标管理机构由于其专门从事招投标管理活动，在人员力量和管理经验方面有着得天独厚的优势，有足够的人力和精力对招投标活动进行全过程、全方位的市场监督管理，有利于提高招标工作的管理水平，有利于招投标活动在“公开、公正、公平”的竞争机制下进行，有利于承发包双方利益的保护。
第二，有效地控制了市场的准入，保证市场的有序化，首先要控制市场的准入，有些具备市政资质的投标单位虽然兼营范围中包含水利工程，但却没有主营水利，按照水利部的有关规定，就不能参加某些水利工程的设计、监理、施工投标；有的投标单位在投标时提供了业绩资料，但却是分包工程的业绩，或者有同类工程的经历却没有较好的业绩等等。专职招投标管理机构通过其日常建立的一套有关企业及工程报考的资料库，对投标单位资质、业绩的审查将更加全面。
第三，有利于及时发现、解决招投标中的问题，提高招标工作的透明度和质量。专职招投标管理机构人员由于直接、长期工作在招投标第一线，业务水平比较高，经验比较丰富，比较容易发现招投标活动中弄虚作假、串标压价、合法不合理等问题，并能针对出现的问题及时提出操作性强的解决方法，同时对探索和推广科学的编标、开标、评标、定标等办法，严格专家评委的资格审查，实行报考管理，提高招标工作的透明度和质量发挥重要的作用。
3.2 建立在上海市统一的有形建筑市场下的水务工程专业分中心
目前，上海市已建立了一个交易管理中心和25个分中心，形成了总包、专业、建材、中介4个层次的，覆盖全市所有区域和部分专业的立体的有形建设市场体系。
上海市水利工程招标投标活动是从1998年进入上海市建设工程管理交易中心统一管理的，随着近几年水利投资的不断加大，尤其是今年重新组建水务局后，上海市水务工程的投资规模从原水利工程的每年8个亿左右扩大到近20个亿，建立在市统一的有形建筑市场下的水务工程专业分中心就非常必需。
水务工程专业分中心应是不以赢利为目的，为水务建设工程交易各方提供优质服务，并进行自律性管理的会员制事业单位。行政上隶属市水务局，业务上接受市交易中心的指导，其基本功能是：
（1）信息服务功能，主要是收集、存储和集中发布各类水务工程信息、企业状况信息、材料价格信息、法规政策信息、项目经理、评标专家和其他技术经济、管理人才的信息等，为发包、承包双方提供信息服务，解决了过去水务工程招投标信息分散、渠道不畅的问题；
（2）场所服务功能，为开标、评标、定标等活动提供了一个功能齐全、服务周到、统一、公开，并在一定交易规则制度制约下的承发包场所，增加了工程交易的透明度，有利于政府部门的有效监督；
（3）“窗口式”集中办公服务功能，通过工程报建、招标、投标、施工许可、合同鉴证、质量安全监督等有关管理部门进驻集中办公，为发包承包双方提供便利的“一条龙”配套服务，不仅提高了工作效率，为承发包人提供方便，而且保证了管理的程序化和制度化。
水务工程专业分中心的成立，将会进一步推进水务工程招标投标工作的市场化、社会化、专业化和法制化，对建立一个高起点、体系完善、管理科学的水利建设有形市场具有深远的意义。
3.3 加强对水利工程招标代理机构的监督和管理
近年来，上海市水利工程招标代理机构对保证招标质量，提高经济效益起到了有益的作用，但是在招标代理工作中存在着一些不容忽视的问题。例如：一些招标代理机构依附于行政机关，借用行政权力或行政影响，实行强制代理，甚至超越代理权限，越权代理；为承担项目无原则迁就招标人的无理要求，违反了招标的公正性原则；有的招标代理项目服务质量不高，收费较多等等，为保证水利工程招标代理工作公正、客观、有效地进行，水行政主管部门应该加强对水利工程招标代理机构的监督和管理，首先要做到以下两点。
第一，凡原隶属于水行政主管部门的招标代理机构，必须按照《中华人民共和国招标法》第十四条第二款的规定，与行政主管部门脱钩，完全按照市场规律运作，财务独立，人事独立，自主经营，自负盈亏，成为真正独立从事招标代理业务及相关服务的社会中介组织。
第二，国务院《关于国务院有关部门实施招标投标活动行政监督的职责分工的意见》中规定：水行政主管部门负责水利工程招投标过程中（包括招标、投标、开标、评标、中标）泄露保密资料、泄露标底、串通招标、串通投标、歧视排斥投标等违法活动的监督执法，建设行政主管部门负责对各类工程建设项目招标代理业务的招标代理机构的资格认定。从上述的管理分工来看，由于对招标代理机构的管理没有法律和控制手段，水行政主管部门对水利工程招投标全过程的监督管理工作就不够全面、彻底；同时，建设行政主管部门只管招标机构的资格认定，对水利工程招投标的管理工作仅进行业务指导，水利工程招标代理机构服务质量如何，在实际中能否达到水利工程招标代理的要求等报考情况，建设行政主管部门了解得就不够清楚、透彻、由于对水利工程的业务不太熟悉，建设行政主管部门在认定水利工程招标代理资格时往往只重视其静态的资料，不重视其报考的服务质量。因此，应建议建设行政主管部门在认定水利工程招标代理机构的资格前，须征得水行政主管部门的同意，将水利工程招标代理机构的静态管理与报考管理联系起来。
3.4 积极推进水利工程招投标工作向深度和广度发展
3.4.1 逐步推广合理低价的评标方法
合理低价的评标方法，主要是不设标底，由专家评委从最低报价的标评起，以低推向高，逐个论证，如低标者经分析论证认定其技术先进、方案可行、报价合理即为中标，高标者不予考虑，这种方法不仅防止了行政干预、地方或行业保护及腐败现象的滋生，还解决了目前广泛采用的标底上下浮动方法的随机性和不科学性的问题，同时提高了企业工程管理的市场竞争力，从而减轻加入WTO以后对水利工程招投标工作的冲击。
但合理低价的评标方法目前还不能全面推广的主要障碍有以下几个方面。
第一，目前我国社会主义市场化程度还不高，建筑市场公平竞争的环境尚未全部形成，工程造价管理的改革暂不具备完全开放、由市场形成价格的条件，适应国际市场竞争的工程计价、定价和规则还未制定，所以，建议有关部门要抓紧制定《建设工程承发包价格管理规定》，作为《招标投标法》的配套实施文件，明确工程造价管理承发包及实施过程中，标底价、投标价、评标、定标、签定合同价及合同价款的调整变更、结算等各环节工程价格的计价规则，明确工程承发包价格的纠纷处理办法，同时严格落实对建筑市场竞争过程中不正当行为的惩罚措施。
第二，水利工程招投标工作是专业性、技术性、经济性、事务性很强的工作，要求承发包单位都要有一定的技术、经济、法律人才，但目前，特别是对招标机构而言，工程造价和法律方面的优秀人才非常匮乏，从事工程造价的专业人士的素质还不能完全胜任合理最低价的评标要求，同时由于大部分水利工程都要求在汛前完成，往往缩短招投标的时间（一般要求工程招标时间为3个月左右，但现在大部分只用了一个月左右），增加了评标的难度，限制了合理最低价评标的推行。
第三，招标机构为了避免承担评标中出现的错误等责任，建设单位害怕以后工程建设实施过程中由于甲方原因（如设计变更等）而造成中标单位的索赔等诸多麻烦，都不愿意采用合理的最低价中标方法，所以要尽快制定赔偿制度和索赔与反索赔的规定，建立行业自律机制和行业协会以及合同争议的评审、调解机构，坚决按社会主义市场化的经济规律和原则办事。
3.4.2 将招投标工作与工程承包合同管理有机地连接起来
招投标工作与工程承包合同的管理是工程建设阶段不可分割的两大部分，由于上海市水利工程招标文件的编制主要是由招标代理机构承担，承包合同管理由监理单位承担，造成了招标工作和合同管理的脱节，这对项目法人的总体利益是不利的。在承包合同实施过程中，一方面由于监理工程师未参与招标工作、不熟悉招标文件和合同，在执行合同初期不能很快地进入监理角色，只能边上岗边学习；另一方面由于编制招标文件的招标代理机构不参与合同管理，招标文件编制的质量没有实践的检验，招标文件的编制水平就很难提高，这给监理工程师进行合同管理造成了很多困难，给工程合同变更和索赔带来很大的隐患，许多工程在完工之后，工程合同与原来招标文件已大相径庭，违背了招标单位在招标时的初衷。笔者认为，招标工作应与工程承包合同管理有机地连接起来，虽然目前招标代理机构与监理公司合并困难较大，不符合现实，但监理工程师作为专家参与招投标工作全过程应该是可行的，而招标代理机构对工程造价的控制可以延续到工程竣工决算阶段，由招标代理机构来参与工程竣工决算的审核。
3.4.3 引进竞争机制，激励投标单位向高质量和技术创新方向发展
目前水利工程招投标过程中，存在着“严进宽出”的现象，即招标很严，中标很难，中标之后工程质量能否达到投标时的承诺，就没有很强的约束措施，同时也不影响下次的投标，“严进宽出”的后果，使得投标者越来越追求投标的技巧，而忽视企业的业绩，笔者认为在加强工程合同管理的同时，要引市场优胜劣汰的机制，对那些业绩好，获得国家级、市级工程优质奖的投标单位，应在以后一定时期的招投标中给予评标加分或优先推荐的奖励，对那些业绩不好、发生过质量事故或安全事故、屡次违约的投标单位，应实行评标减分或取消投标资格，以激励投标单位向高质量和技术创新方向发展。
3.4.4 逐步推广建设单位、管理运行单位及养护单位招投标制
目前，水利工程设计、勘测、施工、监理等招投标工作已在上海市全面展开，并积累了大量的宝贵经验，取得了良好的社会效益和经济效益。当前，除了要继续提高公开招标率和招标质量外，应该试行和逐步推广建设单位、管理运行单位、养护单位招投标制，从提高管理水平、节约投资、防腐促廉等方面来讲，实行建设单位、管理运行单位、养护单位招投标制是非常有益和必需的，也符合机构改革的需要和市场经济的运行规则，但要实施和推行，目前还存在以下几方面的问题：
（1）市场的准入，市场的准入主要受资质的控制，水利工程建设、管理、养护单位目前都没有明确的资质评定、管理办法，建议有关部门要尽快制定相应的规章、制度.
（2）机构体制，水利工程的建设单位是由政府指定的，管理、养护单位是具有行政行为的事业单位，专业化、社会化、企业化是建设、管理、养护单位今后的发展方向，建设、管理、养护单位都应该成为符合《公司法》规定的有承担民事责任能力的企业，同时其财务管理机制也应随之改变；
（3）责任和监督，水利工程，特别是公益性水利工程的建设投资，主要是由国家财政出资的，其产出的效益主要是社会效益，因此，在引进建设、管理、养护单位招投标制后，有关部门应制定相关法律来明确工程建设.
