（一）无效合同引发的争议
1.无效合同的主要类型
《解释》第1条规定：“建设工程施工合同具有下列情形之。应根据合同法52条第（5）项的规定，认定无效：
（1）承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的；
（2）没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的；
（3）建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的。“
2.对此类无效合同的处理
针对这种情况，《解释》作出了如下规定：
（1）建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。
（2）建工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：
1）修复后的建设工程经验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，予以支持；
2）修复后的建设工程经验收不合格，承包人请求支付工程款的，不予以支持。
3.情况类似但不属于无效的情形
《解释》同时规定了不予支持的无效请求：
（1）竣工前取得相应资质的
《解释》第5条规定：“承包人超越资质等级许可的业务范围签订建设工程施工合同，在建设工程竣工前取得相应资质等级，当事人请求按照无效合同处理的，不予支持。”
（2）承揽全部劳务作业的劳务分包合同
劳务分包的分包单位仅仅提供劳务作业，因此。我国建设法律法规并没有限制劳务作业的分包人承揽全部建设工程的劳务作业。因此，《解释》第7条规定：“具有劳务作业法定资质的承包人与总承包人、分包人签订的劳务分包合同，当事人以转包建设工程违反法律规定为由请求确认无效的，不予支持。”
（二）建设工程垫资利息问题
根据我国建设工程施工合同（示范文本）第24款的规定“实行工程预付款的，双方应当在专用条款内约定发包人向承包人预付工程款的时间和数额，开工后按约定的时间和比例逐次扣回。预付时间应不迟于约定的开工日期前7天。发包人不按约定预付，承包人在约定预付时间7天后向发包人发出要求预付的通知，发包人收到通知后仍不能按要求预付，承包人可在发出通知后7天停止施工，发包人应从约定应付之日起向承包人支付应付款的贷款利息，并承担违约责任。”
3.对垫资的处理
对于因垫资问题产生的纠纷《解释》作出了明确规定：“当事人对垫资和垫资利息有约定，承包人请求按照约定返还垫资及其利息的，应予支持，但是约定的利息计算标准高于中国人民银行发布的同期同类贷款利率的部分除外。
当事人对垫资没有约定的，按照工程欠款处理。
当事人对垫资利息没有约定，承包人请求支付利息的，不予支持。
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