建设工程知识产权权利人的权益受到损害的情况包括违约和侵权两种情况，当事人可以寻求的保护途径包括民法保护、行政法保护和刑法保护。
建设工程知识产权发生纠纷后，由当事人协商解决;不愿协商或者协商不成的，权利人或者利害关系人可以依照《民事诉讼法》向人民法院起诉，也可以请求知识产权行政主管部门处理。
一、建设工程专利权的保护
《专利法》规定，建设工程发明或者实用新型专利权的保护范围以其权利要求的内容为准，说明书及附图可以用于解释权利要求的内容。外观设计专利权的保护范围以表示在图片或者照片中的该产品的外观设计为准，简要说明可以用于解释图片或者照片所表示的该产品的外观设计。
专利权人或者利害关系人有证据证明他人正在实施或者即将实施侵犯专利权的行为，如不及时制止将会使其合法权益受到难以弥补的损害的，可以在起诉前向人民法院申请采取责令停止有关行为的措施。申请人提出申请时，应当提供担保;不提供担保的，驳回申请。
人民法院应当自接受申请之时起48小时内作出裁定;有特殊情况需要延长的，可以延长48小时。裁定责令停止有关行为的，应当立即执行。当事人对裁定不服的，可以申请复议一次;复议期间不停止裁定的执行。
二、建设工程商标权的保护
《商标法》规定，注册商标的专用权，以核准注册的商标和核定使用的商品为限。有下列行为之一的，均属侵犯注册商标专用权：(1)未经商标注册人的许可，在同一种商品上使用与其注册商标相同的商标的;(2)未经商标注册人的许可，在同一种商品上使用与其注册商标近似的商标，或者在类似商品上使用与其注册商标相同或者近似的商标，容易导致混淆的;(3)销售侵犯注册商标专用权的商品的;(4)伪造、擅自制造他人注册商标标识或者销售伪造、擅自制造的注册商标标识的;.(5)未经商标注册人同意，更换其注册商标并将该更换商标的商品又投入市场的;(6)故意为侵犯他人商标专用权行为提供便利条件，帮助他人实施侵犯商标专用权行为的;(7)给他人的注册商标专用权造成其他损害的。
县级以上工商行政管理部门根据已经取得的违法嫌疑证据或者举报，对涉嫌侵犯他人注册商标专用权的行为进行查处时，可以行使下列职权：(1)询问有关当事人，调查与侵犯他人注册商标专用权有关的情况。(2)查阅、复制当事人与侵权活动有关的合同、发票、账簿以及其他有关资料。(3)对当事人涉嫌从事侵犯他人注册商标专用权活动的场所实施现场检查。(4)检查与侵权活动有关的物品;对有证据证明是侵犯他人注册商标专用权的物品，可以查封或者扣押。
三、建设工程著作权的保护
对于著作权的保护，主要是民法保护。如果侵权行为同时损害公共利益的，可以由著作权行政管理部门责令停止侵权行为，没收违法所得，没收、销毁侵权复制品，并可处以罚款;情节严重的，著作权行政管理部门还可以没收主要用于制作侵权复制品的材料、工具、设备等;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
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