2、建立健全水资源的市场机制，促进长江流域水资源可持续利用。
《长江法》应当贯彻水量与水质管理并重，开发与节约并举的政策，可在《长江法》中流域水资源开发利用这一章对现有水权制度进行一些创新。我国水权制度存在很多缺陷，限于篇幅这里无法系统阐述，仅论述一下构建水权市场的问题，尤其在南水北调中具有重要意义。
水资源的短缺除了自然原因，更主要的在于对水资源的开发管理的低水平和水资源的市场机制不健全。我国宪法虽然规定了水资源的所有权以及与用益物权相似的非所有人对于水资源的使用权、收益权，但并未将这种权利明确定性为用益物权，更未见使用和界定“水权”这一法律概念。 多数学者认为，按照现代各国水法的一般规定，水权即为依法对于地面水和地下水取得使用或收益的权利。 根据此定义，一方面，水权是独立于水资源所有权的一项法律制度；另一方面，水权是水资源的非所有人依照法律的规定或合同的约定所享有的对水资源的使用或收益权。我们把水权定位为用益物权，为一项财产权，可以在市场主体之间进行交换，也可以依法作为抵押、入股、出租的标的。如此一来，就为利用市场价格和竞争机制实现水资源分配提供了必要的前提条件，一举打破了水资源禁止流转而造成的市场禁锢。
我国中央政府通过行政命令在垂直的企业管理模式中配置水资源总量已经过分庞大。国家（这个超级企业）配置水资源的效率已经非常低下，我国水权制度变迁的方向应当是由市场配置水资源，国家只负责初始分配。2000年11月24日，浙江省东阳市同意以人民币2亿元一次性把东阳横锦水库的每年4999.9万立方米的永久用水权转让给义乌市，义乌负责向东阳供水方支付当年实际供水0.1元/立方米的综合管理费 ，形成了一个双赢的局面。举世瞩目的南水北调工程将根据每个城市的需水量按比例确定相应的股权进行投资，说明我国在加强水资源经济管理上加大了力度，向市场化迈出了一大步，但立法上相对于实践却显得滞后了许多。
对于合法完善的水权市场而言，政府只须规定相应的交易规则即可，就我国现状来说，目前只能是一种过渡时期的“准市场”，表现在：水价不可能完全由市场竞争来决定，多种水功能中只有能发挥经济效益的部分才能进入市场，不同地区、不同用户之间的经济差别很大，难以完全进行公平竞争等。因此构建水权市场过程中，我们应注意：为确保水权市场的正常运行，长江水利委员会需要应用法律、法规、条例等形式对水权交易主体、水权分配制度、交易制度、价格制度加以保证，负责制定整个流域的水权分配方案并采取一定方式将水权分配或出让给各个供水经营单位；水权分配完成后，负责制定各水权交易主体进行水权交易的规则，负责改善流域公共基础设施的投资，提供有关水资源信息，组织各供水公司之间的水权转让和交易，并负责监督交易的执行。随着水资源市场的完善，长水委可以进一步减少对水权交易的干预。
3、加强长江流域水污染防治，特别是船舶水污染防治。
关于水污染防治，现有的《水污染防治法》、《环境保护法》、《河道管理条例》、《水污染防治法实施细则》等较详细的规定了排污收费制度、水资源费征收制度等，《水利产业政策》提出了建立水环境生态补偿机制。各流域水污染状况有自己的特点，应以流域为单位进行治理。以长江流域为例，长江是横贯我国东西水上运输的大动脉，其航运业十分发达，但也给长江水域和周围环境造成了污染和破坏，据保守估计，长江船舶垃圾每年生产量达18.4万多吨 ，长江上每发生的一次海损事故往往就是一次严重的水污染事故。
目前我国《水污染防治法》将船舶水污染事故处理的权利授予了航政部门，而航政部门的处理仅限于船舶本身，对水资源污染的影响范围，水质跟踪监测，事故通报以及其他应急处理措施都还没形成一个有效机制，既没有建立必要的程序，又没有建立处理经费渠道，因为沉船对船主的损失已经很严重，其根本无法独自负担处理费用。建议此类流域性污染，《长江法》应作出全面的规定，明确长江水利委员会对事故的管理权限，长水委和长江流域水资源保护局可以利用流域水质监测网络进行监视监测，采取应急措施，另一方面，参考国际上通行的做法，通过营运船舶共同交纳事故保险费用来保证事故处理费用。
4、开征长江流域水资源保护的水利经费，解决流域水资源保护可持续发展经费问题。
目前，在国外对流域水资源保护和管理，大都征收有关水利经费，专门用于流域水资源保护和管理的费用。我国长期实行计划经济，流域水资源保护和管理的费用由国家统一拨付。由国家单向解决流域水资源保护和管理的费用问题，不能满足今后长江流域水资源保护可持续发展问题。《长江法》中可效仿日本《河川法》进行单独规定水利费用的征收是很有必要的。由于河流是公共财产，管理的最终目的是减少在公共财产使用中产生的外部不经济性，因此建立相关赔偿制度至关重要，这也是我国水法规中最为欠缺的地方。
在这方面，我国台湾《水利法》有关水利经费的规定，也可值得我们借鉴。台湾《水利法》规定了水利经费的征收，包括“征收水利权费、河工费、防洪受益费三种。”同时规定经费的具体征收办法即：“水权费即向水权人按年征收之费，水权费的征收，农业工业用水以每分钟1立方公尺的供水量为起点，水力用水以每秒钟1立方公尺的供水量为起点。水权费的征收期间，公共给水、工业用水、水力用水及其他用水每年一次，农业用水视生产物的收获，得每年分为两次。”1河工费即向来往船舶按季或按次征收之费。河工费的征收期间，登记的船舶全年通行的按年定期征收；非全年通行的，按季定期征收。防洪受益费即向防洪受益人分期征收之费。政府因办理及维持防洪工程，得向收益者分别轻重征收防洪受益费等。
根据我国的实际情况，应制定《长江流域水利经费征收办法》，对利用长江流域水资源获得利益的单位和个人征收水利经费，包括长江水资源使用费、船舶通行费、防洪受益费等，《办法》应具体规定征收水利经费的情况、征收范围、数量、时间、用途等。水利经费取之于民，用之于民，须专款专用，专门用于长江流域水资源保护事业，解决长江流域水资源保护可持续发展经费问题。对于长江流域的管理费原则上由国家负担，长江所在区域也需根据情况进行缴纳贴补。
5、完善长江流域水资源保护的法律责任。
法律责任是法律得以执行实施的必要保证，否则会削弱其执行力。应对《长江法》中规定的不执行各种法定的义务及对法定的权利侵犯，应规定相应的惩罚措施和赔偿措施。包括违反流域管理与行政区域管理相结合应承担的法律责任、违反水权交易应承担的法律责任、造成长江流域水污染应承担的法律责任、违反开征长江流域水资源保护的水利经费应承担的法律责任等。承担法律责任的形式应为：行政处分、停止侵害、限期改正、情节严重，吊销营业执照、罚款、赔偿损失、情节严重构成犯罪的，依法承担刑事责任。从而真正发挥法律的功能，同时要建立跨行政区域纠纷处理的条款等。
综上所述，促进长江流域水资源可持续利用不仅关系到长江流域经济的可持续发展，也是关系到国家整体利益和长远发展的大事，必须建立和完善长江流域水资源保护的法律体系，制定和完善《长江流域水资源管理法》（或称《长江法》）建立长江流域水资源保护法律制度，促进和保障长江流域水资源开发、保护和可持续利用。
