水资源配置是在水资源归国家所有的前提下，对水资源使用权的分配管理。
近年来，水资源分配的重要性逐渐得到认识和重视。水事纠纷，尤其是北方地区省际水事纠纷的加剧促进了水资源分配立法管理的步伐。
2006年是中国历史上水行政法规颁布最多的一年，其中由国务院颁布的《取水许可和水资源费征收管理条例》和《黄河水量调度条例》的正式施行具有重要意义。前者权威地提出了取水许可的管理办法，而后者则是国家出台的第一部有关大江大河流域水量调度分配的行政法规。
实际水资源分配决策中存在的问题从目前情况看，由于技术和管理上的局限性，在实际的水资源分配决策中还存在一些问题，主要包括以下几个方面：
首先是规划目标和实际管理运行之间还存在差距。通常区域和流域的规划已经得出有相关水资源配置的结论，但在年度和短期内结合实时水情条件和用水需求信息给出合理的实施方案方面还有所欠缺。此外，由于不同管理层的目标不同，实际操作中较多地强调公平性、可操作性和可检验性，使得水资源分配的优化性能不足。
其次是水资源分配与预报预警机制结合不足。目前的水资源分配主要基于流域的历史水雨情信息以及用水数据而定，属于静态基础的决策。虽然这种方式比较容易被不同利益方认可，但是不利于动态管理，不能完全适应千变万化的实际情况，因此缺乏一种充分考虑到未来水条件和区域用水变化等未知不确定因素下水资源分配的方案。
第三是在实际操作过程中缺乏全局性的分析考虑。除了个别重点工程存在部分联合调度外，大部分工程正常条件下都是以自身管理制度和用水需求运行，只在特殊情况下以应急方式进行水量调配，因而缺乏一种对流域水资源进行整体性优化分配的框架和机制，使得实际调度的效果劣于理论分析的结果。
第四是缺乏供水的应急管理和危机管理机制。常规状态下的水资源分配均有可供参照的运行调度方案，但是应急状态下的水资源分配机制和效果评价方法缺失。
第五是对水质影响供水的问题认识不足。目前的水资源分配还都是以水量为主，缺乏在水质恶化条件下供水对象受限时的水资源调配有效分析机制，如分质供水等。
有关水资源分配工作的建议
基于目前国内水资源配置所存在的问题，在今后工作中应该多关注以下几个方面：
要结合实际工作需求，加强基于行政区和流域分区水资源的统一管理。目前基于流域的水资源管理尚未得到真正实现。受行政区划的限制，大多数水行政主管部门只能管理其行政区域内的水资源，因而不能在管理和水量配置中有效体现水资源本身的特性，尤其是跨行政区域的流域，其上下游、左右岸的管理只能由不同的管理机构来实施，存在决策上的不协调。因此，在思路上需要进一步强调基于流域分区的统一综合管理，并借助科学实用的工具辅助统一管理的实现，同时在实际工作中应建立更紧密的区域联合决策机制，使得相关的工具能为实践所用。
要分析建立流域水资源可利用量和取水许可制度之间的关联机制，提高取水制度的实施水平。目前，年度水量分配计划的制定还是以历史统计信息为基础，采用经验决策的方法进行；而取水许可制度是惟一普遍可操作的水资源配置管理的具体手段，并且由不同级别的行政区分别实施。这种制度由于比较简单且容易被接受，在实际工作中易于有效贯彻实施，但在针对具体区域的应用中还缺乏一定的科学性。由于不同级别的行政机构同时负责同一区域取水许可制度的实施，所以在管理上存在交叉和相互间信息的不畅通。实际上，低一级的行政机构可能并不清楚其辖区内的许可取水总量，而上级机构同样不能从总量上实现对区域总取水量的有效控制。
有必要引进具有科学分析能力的模型工具来辅助制定水资源分配的决策。目前，水量配置决策的主要实现手段是制定用水计划，而用水计划的制定和修正主要基于管理者自身的经验，同时借助一些简单的电子表格进行统计计算完成。这样的方式虽然有利于管理者自身经验的发挥和操作过程的简化，但缺乏科学性并且容易受决策者主观偏好的影响。所以，有必要引入或建立能引导管理人员进行水资源分配的模型工具，在综合考虑各方面影响因素的基础上，结合管理人员的经验，从而使决策更为合理。需要注意的是，这类模型应当结合实际过程中的需求，而不是纯粹的理论计算工具，比如以建模者为主导的优化计算。针对目前实际操作的优势和存在的问题，可以考虑将现有实际操作方案和已有的水资源分配理论性模型结合，相辅相成，扬长避短，得到适用的模型工具，同时也借机提高实际调度的科学性和合理性。开发结合实际管理人员经验与考虑水资源机理过程及其利用特性的辅助模型决策工具在未来很有必要，并具有广泛的应用前景。
要加强不同用水模式下地下水和地表水之间相互关联关系的科学分析和研究，并探索其成果在定量管理上的应用。由于缺乏地表水和地下水之间明确定量的数量转化关系的描述，出于定量化管理的需要，在实际操作中一般采取地下水和地表水用水管理相分离的办法。这样，在管理中就缺失了对二者关系的衡量，容易出现预想失真的决策失误。因此，可以考虑在已有各类研究成果的基础上，分析提炼出能应用于实际管理的地下水和地表水的管理关系，建立管理中取、用水条件下的动态关系，提高决策的准确性和科学性。
要完善供用水系统的监测控制。定量化水资源配置管理不能有效实现的一个主要障碍就在于监测信息的缺乏和不准确。决策部门所参考的信息依据主要是基于历史性资料和一些估计，这些历史性资料通常是由各层机构根据部分调查分析形成的，而非真正的监测数据。信息不足有可能误导决策，即使应用了科学的计算方法也难以得到符合实际的结果，因而限制了其应用的范围。此外，信息缺失还容易导致管理者在决策责任上的缺失，不利于管理的实施。所以，在目前技术水平大大提升的背景下，有必要引进相关的监测设施对供、用、耗、排水等各个环节进行监测，提高并完善水资源配置的决策水平。
