一、水利资金配置存在的问题
１．水利资金配置量无稳定增长机制
①水利资金占GDP的比重持续走低。国外水利资金投入占GDP的比重一般稳定维持在2％以上，从而保证了水利投入随经济的发展而稳定增长。而我国1952～2000年水利财政支出占GDP的比重平均只有1.17％。从时段分析，也只有“二五”至“五五”时期的比重在1％以上，20世纪80年代以后的“六五”至“九五”时期却出现持续走低的局面，均在1％以下。
②水利财政支出占财政总支出的比重持续低迷。国外水利财政支出占财政总支出的比重平均为5％左右。而我国1952～2000年平均比重为4.2％，只有“二五”、“五五”时期其比重在5％以上，分别为5.2％和5.9％，其余绝大多数时期均在5％以下，最低的“七五”时期仅占2.7％，这说明财政对水利的支持力度是不够的。
③在各种基建支出中，水利基建支出所占的比重最低。新中国成立以来水利基建投资占国家基建总支出的平均比重不足4％，尤其是80年代以来，各种基本建设的投入及发展极不协调，水利所占比重一直持续降至3％以下，以致水利成为制约经济发展的“瓶颈”。
２．水利资金的配置机制运行不畅
水利资金的配置机制，是指在资金的筹集与运用中配置主客体采取何种方式和手段分配资金并分布不同项目之间相互关系的总和。由于水利资产的特殊属性，决定了水利资金配置机制为：政府主导计划型的水利资金配置机制和市场主导型的水利资金配置机制。然而，我国水利资金配置的两种机制均运行不畅。
①政府型水利资金配置机制僵化。对于大中型公益性水利项目，一般由中央与地方政府共同出资承担，因而中央水利财政资金分配至不同地方的水利项目需有地方政府财政资金的配套。然而，由地方政府配套的水利财政资金供给明显不足。在我国，由于长期实行计划经济体制，水利财政资金的计划配置模式根深蒂固，过于僵化的计划配置模式使水利资金在配置主客体和项目的运行上，其效率大打折扣，存在大量的前期工作准备不足，该在计划内配置的资金闲置沉淀，不该在计划内配置的资金又不敢根据资金运行的自身规律无计划配置。以上表明，各级政府及配置主客体之间的不合作行为致使政府计划型水利资金配置运转不灵。
②市场型水利资金配置机制梗阻。随着我国市场经济体制的建立，水利资金逐步打破了计划体制下“政府＋农民”的二元投资格局，开始向多元化、多层次、多渠道的格局转变。但总体上社会资金参与水利投资的规模和份额仍然不大。尽管国家采取了众多的宏观调控政策，鼓励社会资金投入水利行业，以减轻政府投资的压力和促进水利的快速发展，但由于水利的价格机制和提供公益型服务的补偿机制尚未建立，水利项目的投资回报达不到社会平均的投资回报率，使社会资金一般不愿投入水利项目。表明市场化引导社会资金配置于水利项目的机制受阻，无法吸引更多的社会投资。
３．水利资金配置失衡、效果不佳
①水利资金地区配置失衡。水利资金的配置量应该取决于经济发展的客观需要量。在我国，尽管东中部地区较西部地区经济发展速度快，对水利资金的需要量也比西部地区多，但经济发展的不协调与水利资金配置的地区失衡是互相影响的。也就是说，西部地区除了经济发展的其他因素较东中部地区薄弱外，水利发展的滞后也是阻碍西部地区经济发展的重要因素。在过去50年中，中央水利专项资金向西部地区的配置量仅占东部地区的1/2，而西部地区国土面积是东部地区的4.5倍；20世纪90年代以来，中央水利资金配置结构中，东部地区占40.7％，中部地区占38.1％，而西部地区仅占21.2％。
②水利资金配置效率不佳。衡量水利资金配置效率的重要指标是项目成功度，它是由一个指标群综合测算而得的全面性的指标。有资料显示，20世纪80年代以来，我国水利项目的综合项目成功度大致在70％～85％之间，平均为80％左右。仅从项目成功度中的两个分指标（资金到位率和资金闲置率）来看，其配置效率也是相当低的。据统计1998年全国平均资金到位率为74.7％，因项目前期工作不足，造成资金闲置率为16.8％。
③水利资金配置效果欠佳。一是水利固定资产使用率偏低，水利设施处于闲置状态较严重。据统计，“四五”至“九五”各时期水利基本建设固定资产交付使用率分别为56.5％、63.9％、88.8％、71.9％、61.5％、45.4％，这表明我国水利设施尚未达到理想使用状态。二是部分水利项目未按计划建成。据1998年抽审发现，未按计划完成的有1173个项目，占抽审项目数的8.31％，还有263个已建成项目不能按设计要求发挥效益。
４．水利资金误配置现象时有发生
水利资金误配置，是指水利资金未按规定使用或因其他原因使项目失败而导致水利资金使用不当的总称。它有两种表现形式：一是工程前期论证不充分，决策失误导致的资金误配置；另一种是配置主体或使用主体未按规定使用资金，置换使用水利资金。水利资金的误配置通常是在配置主体和使用主体不科学、不合理、不规范的资金使用行为中产生的。
５．水利资金的良性运行机制梗阻
水利资金良性运行机制，是指水利资金从多层配置主体转移到使用主体并最终通过项目的运用转化产生预期效益，实现有效的资金增值这一完整有机的动态过程。在这个过程中，资金运动转化的各个环节不受任何阻碍，均能保证水利资金的安全转化与实现最大增值，这是水利资金良性运行的基本标志。现实的表现是：在资金筹集和配置阶段，一方面没有足够的资金投入，出现供求缺口；另一方面又经过多层次配置主体账户，才能最终到达配置项目，致使项目资金处于闲置状态。在项目施工阶段，常有配套资金不足或资金到位率低等多种原因致使施工计划期延长，水利资金不能顺利转化为预期的水利资产，形成资金在施工中的梗阻浪费。在资金增值阶段，一方面大量水利资产处于利用率低和闲置状态而不能产生效益；另一方面，由于水利的价格机制和提供公益型服务的补偿机制尚未建立，资金增值率极低，较多水利单位即使满负荷运营也只能处于保本甚至亏损的状态。
二、水利资金配置问题产生的影响
１．制约了水利的可持续发展
要保证水利的可持续发展，就必须对水利有足够的资金投入，使之与其他基础设施的发展保持协调与同步，才能最终促进国民经济的持续健康发展。但是，我国水利资金配置数量供给缺乏稳定增长的机制，资金来源无稳定的数量保证，波动随意性大，严重制约了水利的可持续发展。
２．降低了水利资金积累与转化的质量
良好的水利资金配置机制应该具有自动积累资金、合理分配资金以及资金有效增值的能力，这种能力内在地依靠配置方式与激励的动力。然而，在我国水利资金配置中，一是政府主导型配置机制往往因政府体系的设置和多重配置主体的存在变得缺乏效率，这就明显地降低了水利资金转化的数量与质量；二是政府主导型配置机制对水利设施的运营设计的制度安排带有浓厚的计划性，与市场化和利润最大化经营目标有一定距离，从而使水利设施的运营效率低，水利产品和服务得不到有效的市场价格，从而造成水利资本积累的困难；三是市场主导型配置机制能够实现资本的自我积累与合理配置，其目标在于经济利润的最大化，但它对公益性极强的水利设施的资金配置却失去效力。
３．影响了水利资产预期目标的实现
从目前我国的实际情况来看，首先，在水利资金的配置格局中，水利资金的投入量和地区之间的配置失衡，使水利成为制约经济发展的瓶颈因素；其次，由于水利资金到位率低，闲置与漏损共存，加上地方配套资金的不足，一些工程项目不能按原设计标准、规模和进度施工，从而影响了工程效益的发挥；最后，水利资金配置效益的获取并未达到最优化，我国现有水利设施的利用率不高，尤其是水电的结构性过剩，使得这些水利项目不能产生最大化的效益，这就背离了水利资金在项目配置中预期的效益目标。由此可见，水利资金配置失衡、效率不佳制约了水利资金配置的预期目标。
４．加剧了水利资金的供求矛盾
在我国水利资金配置中，虽然总量逐年增加，但供求矛盾一直存在并有加剧的趋势。这是因为随着经济的发展，要求水利为经济发展提供可持续发展的支撑，因而水利资金需求的增长在相当长的时期内是一条客观规律。当然，经济的发展也为水利资金的增长提供供给需求。但由于认识和战略选择重点不同，经济本身对水利资金的实际供给就可能具有较强的伸缩性，这种变化可能与日益增长的水利资金需求背道而驰，从而不是缩小而是加大了客观上水利资金的供求缺口。
５．阻碍了水利资产的持续社会再生产
水利资产的社会再生产有两种方式：一是保持原有规模的简单再生产，二是增加规模的扩大再生产。但从目前来看，我国水利资金运行的各个环节并不畅通，资金分配和转化阶段存在着闲置和截留等问题，资金增值阶段存在水利资产利用率不高等问题，严重削弱了水利资金的运行速度与质量。与此同时，水利资产的经营管理不善，以及不合理的市场价格与分配积累，致使不少水利单位面临着亏损甚至于破产的边缘，这就更谈不上水利行业资本的自我积累，也就无法保证水利资产的持续社会再生产。
