建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：
（一）修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；
（二）修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。 来源：www.examda.com
因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。
注意：无论施工合同有效、无效或被解除，只要竣工验收不合格，均参照上述方式处理工程款结算。
两种例外情况
承包人超越资质等级许可的业务范围签订建设工程施工合同，在建设工程竣工前取得相应资质等级，当事人请求按照无效合同处理的，不予支持。
具有劳务作业法定资质的承包人与总承包人、分包人签订的劳务分包合同，当事人以转包建设工程违反法律规定为由请求确认无效的，不予支持。
垫资利息
当事人对垫资和垫资利息有约定，承包人请求按照约定返还垫资及其利息的，应予支持，但是约定的利息计算标准高于中国人民银行发布的同期同类贷款利率的部分除外。
当事人对垫资没有约定的，按照工程欠款处理。
当事人对垫资利息没有约定，承包人请求支付利息的，不予支持。
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