工程审计是既严肃又繁琐的工作，要求审计人员必须公正、仔细、认真、负责，在保护国家或者投资人的利益的同时也要让承包方取得相应合法利润。本着公平、公正、实事求是的精神，才能做好审计工作。
1．审计依据要明确
通常水利工程的审计，其依据主要有：
1）水利部的《水利基本建设项目竣工决算审计暂行办法》
2）《基本建设财务管理若干规定》（财基字[1998]4号文）；
3）；《水利基本建设项目竣工财务决算编制规程》；
4）《企业会计准则》；
5）经审查批复的工程初步设计报告和批复文件；
6）工程竣工决算报告及工程结算书；
7）财务帐目表、帐薄、凭证等有关资料；
8）设计施工图纸、设计修改通知书、监理工程师签署的指令等合同文件；
9）其他有关规定。
2．审计方法要得当
要做好审计工作，必须有有效恰当的工作方法，审计的对象主要是工程投资，我们知道量是费的基础，要想控制好工程投资费用，就必需要控制工程量的合理、真实准确（尤其是单价承包合同），其次是工程建设过程中所发生的新增单价的合理以及其他费用。
步骤如下
1）查看现场，熟悉工程情况；
2）熟读概算审批文件和招投标文件，按照招标工程量清单与施工图纸实施项目，对比决算工程项目内容，核对工程项目；
3）根据竣工决算报告查看设计施工图纸、修改通知单、施工单位文件及监理工程师签署的指令文件等，核对决算工程量；
4）按照合同的有关规定，核对标内工程单价，变更项目工程单价依据施工合同及有关规定认真审核；
5）依据《企业会计准则》和《基本建设财务管理财务若干规定》等财务制度，对其他项目（费用）进行审计。结合企业的实际情况，实施包括检查会计记录等我们认为必要的审计程序，并核对签定的合同是否符合有关的法律法规，其支付是否严格按照国家财务制度和合同条款进行。
3．实例
3．1 工程概况
某工程是河口应急防护工程，于2001年1月4日，批准了该工程的初步设计，批准工程总概算为55，179，127．17元。工程建设资金来源为企业自行筹集。工程于2001年3月1日开工，2002年5月31日完工。
工程主要项目为：（1）消力池上游（0－130～0＋150）河床抛石、护底砼、两岸砼护砌、草皮护坡及交通桥桥墩加固；（2）消力池至河口（0＋150～0＋230）池底砼和地下连续墙支护及两岸砼护砌和草皮护坡。
河口应急防护工程分1个单位工程，8个分部工程，396个单元工程。土石方开挖量5．92万m3，混凝土总量为2．43万m3，石方填筑量4．32万m3，钢筋、钢材882．39t。
