在确定透支交易造成的损失应由谁来承担问题时，首先要分清四个法律关系，即期货合约买卖双方因买卖期货合约产生的法律关系、期货交易所和会员或者会员和客户之间的期货交易服务法律关系或者期货行纪法律关系、以及期货交易所和会员或者会员和客户之间的融资法律关系。
第一，根据风险和利益相一致的原则，因期货交易的投机性和风险性都很大，客户参与期货市场交易，应当享有自己期货交易所产生的利益，也应当承担因自己交易行为所产生的不利后果。这是合同相对性原则的体现和因果关系理论的具体贯彻。故对期货合约买卖法律关系产生的权利义务应由买卖双方当事人承担。也就是说，在期货市场上，不应当有只享有权利，不承担风险的期货交易者。否则，是不符合公平原则的。如因不具有主体资格的经营机构从事期货经纪业务而导致期货行纪合同无效，只要期货经纪机构是按照客户的交易指令入市交易的，期货经纪机构仅负责返还收取客户的佣金，而对期货交易的结果则应由客户自行承担。
第二，透支交易在性质上是一种融资行为，即期货交易所融资给会员或者期货经纪公司融资给客户。当然该融资法律关系因违反国家法律、法规禁止性规定应为无效。对无效融资法律关系双方当事人存在的缔约上的过失责任，应由双方当事人根据其过错承担相应的民事责任。期货经纪公司或者客户的保证金不足，期货交易所或者期货经纪公司履行了通知义务，而期货经纪公司或者客户未及时追加保证金，而要求保留持仓并经书面协商一致，造成期货交易所或者期货经纪公司穿仓损失的，因在期货交易所或者期货经纪公司与会员或者客户之间无效融资法律关系中，期货交易所或者期货经纪公司对造成融资法律关系的无效具有明显的过错。即如果没有期货交易所或者期货经纪公司对融资的认可，甚至纵容，仅有会员或者客户一方融资的意思表示，融资法律关系根本无法建立。故对因此造成的期货交易所或者期货经纪公司融资款项不能收回的损失部分应当由期货交易所或者期货经纪公司自行承担。当然这并不意味着剥夺了期货交易所或者期货经纪公司依据融资法律关系向融资方会员或者客户主张偿付融资款项的权利，而是对融资无效后的责任承担问题作出的认定。认定由期货交易所或者期货经纪公司自行承担融资不能收回的损失是符合过错与责任相一致原则的。即在处理期货纠纷案件中，无论是期货合同纠纷，还是期货侵权纠纷，一般情况下，当事人有过错就应当承担责任，没有过错就不应当承担责任；当事人的过错与损失之间应当有因果关系；双方均有过错的，各自承担相应的责任；承担责任的大小与过错程度相联系。这里还要注意一个问题，即融资法律关系的无效并不导致透支交易行为本身的无效。用透支款项进行的期货交易是有效的，也是应当受法律保护的。这样的认定也是符合合同法关于合同效力的立法指导思想的，对稳定社会经济秩序，保护各方当事人的合法权益均有其现时意义。
第三，在透支交易法律责任中体现最多的是基于期货交易所和会员，以及期货经纪公司和客户之间的期货交易服务法律关系或者期货行纪法律关系因违约产生的损害赔偿民事责任的承担问题。包括以下几种情况：
1、期货交易所或者期货经纪公司未履行通知义务产生的民事责任。期货经纪公司的交易保证金不足，期货交易所未按规定通知期货经纪公司追加保证金的；或者客户的保证金不足，期货经纪公司未按约定通知客户追加保证金的，因期货交易所和期货经纪公司违反期货交易服务合同（尽管该合同内容不是由一份具体的服务合同体现，而是体现在期货交易所的章程、业务规则等中）或者期货行纪合同（体现在一系列的合约性文件和下单指令中）中有关期货交易所和期货经纪公司负有在会员或者客户保证金不足的情况下及时通知会员或者客户追加保证金的义务，由于行情向持仓不利的方向变化导致会员或者客户持仓透支交易发生的扩大损失，应当由期货交易所或者期货经纪公司承担主要的赔偿责任。同时，由于作为期货交易者对自己的交易负有当然的注意义务，即投资者对其自身的行为必须负责，故会员或者客户对持仓透支交易造成的损失也应承担次要的责任。即尽管期货交易所或者期货经纪公司未履行通知义务，但会员或者客户对因其未尽到应有的注意义务造成的后果也应承担相应的民事责任。期货司法解释对此作出了明确的规定。这样规定，一是基于风险与利益一致原则，一是充分反映了该司法解释对期货市场价值取向的变化。最高人民法院1995年出台《关于审理期货纠纷案件座谈会纪要》（以下简称《纪要》）时的社会背景是期货市场一哄而起，违规违法行为泛滥，国家从规范期货行为，打击违法违规行为出发，强化对期货市场的整顿。故为配合期货市场的整顿，及时解决期货纠纷案件而出台的《纪要》，更多地是采取了对期货经纪机构加以较重的法律责任，以强化其规范期货市场的意识。而现阶段，因期货市场经过治理整顿，已进入了规范发展的阶段，对冲、对赌等违法行为已基本不再存在，各民事主体也逐步明确了各自的权利义务。因此，期货司法解释根据民法通则、合同法等的基本民事法律关系原则出发，从公平、诚信的角度，合理分配期货交易各民事主体在参与期货交易过程中的民事责任，以建立一个法律责任相对平衡、公正的司法环境为宗旨，在继续强调规范，注重保护投资者合法权益的同时，也对投资者的不诚信行为赋予了相应的民事责任。期货司法解释的这一精神，对规范期货交易行为，促进期货交易法律关系主体的诚信合规意识，提高整个期货市场的信用水平，有其积极的意义。
2、会员或者客户主动要求持仓透支产生的民事责任。期货经纪公司（会员）或者客户的保证金不足，期货交易所或者期货经纪公司依约履行了通知追加保证金的义务，而期货经纪公司或者客户未及时追加保证金，并主动要求期货交易所或者期货经纪公司保留其持仓并经书面协商一致的情况下造成的保留持仓期间造成的损失，即持仓透支交易造成的损失，应当由期货经纪公司或者客户承担。理由是：一是期货交易所或者期货经纪公司履行了通知义务，不存在违反合约中关于保证金不足应当及时履行通知义务的约定；二是因此持仓透支交易系基于期货经纪公司或者客户的要求导致的，是期货经纪公司或者客户自己真实意思表示的结果，在此情况下，期货交易所或者期货经纪公司虽然也存在同意会员或者客户持仓透支交易的过错，但这个结果的主要责任在于期货经纪公司或者客户。这同期货交易所或者期货经纪公司为了多赚取手续费而有意诱导会员或者客户透支交易存在根本性的差别；三是持仓透支交易系期货经纪公司或者客户不及时追加保证金或者平仓的结果，即系其不作为产生的法律后果，故应当由其对此后果承担责任。这样认定应该说是公平的，是期货经纪公司或者客户自身选择的结果，体现的是期货经纪公司或者客户的意思表示。至于期货交易所或者期货经纪公司在此过程中违反期货行政法规关于不得透支交易的有关规定，应由期货监管部门对其违规行为依法给予行政制裁，不属民事责任承担的范畴。包括期货交易所未履行通知追加保证金义务的情况下，其虽然依法承担了相应的民事责任，但对其违反期货行政法规关于不得透支交易规定产生的行政责任也不因民事责任的承担而免除。
3、期货交易所或者期货经纪公司允许会员或者客户开仓透支交易产生的民事责任。对期货交易所允许期货经纪公司开仓透支交易的，以及期货经纪公司允许客户开仓透支交易的，因期货交易所和期货经纪公司在此类开仓透支交易中起的是主导的作用，即往往是期货交易所为了拉拢会员或者客户，或者为了多赚取手续费而采取的措施。在这里期货交易所和期货经纪公司，以及会员和客户虽然均违反了双方合约中关于不得透支交易的约定，即系双方违约，但期货交易所和期货经纪公司在其中的过错更大。故对此透支交易情况下造成的损失，应当由期货交易所和期货经纪公司承担主要赔偿责任。
4、约定分享利益、共担风险透支交易产生的民事责任。对于期货交易所和期货经纪公司不仅允许会员或者客户透支交易，还与其约定分享利益，共担风险的，虽然期货交易所和期货经纪公司允许会员或者客户透支交易存有明显的过错，但因双方对透支交易的盈亏均明确约定共同享有或负担，故从公平原则和意思自治原则出发，对此造成的损失，由双方按照约定共同分担，这也是符合风险与利益相一致原则的。但是，如果双方仅约定分享利益，而期货交易所和期货经纪公司对亏损未承诺承担相应责任的，因这里明显存在期货交易所或者期货经纪公司利用其特有的身份和特权，既不想承担风险，又以允许透支交易作为码，来获取利益，不仅仅是违反禁止透支交易的约定，而且是不公平的，故应当由期货交易所和期货经纪公司对因此造成的损失承担主要的赔偿责任。
有观点认为，透支交易中同时存在会员或者客户侵权的民事责任。对此笔者不敢苟同。笔者认为，尽管会员或者客户在透支交易中占用了期货交易所或者期货经纪公司的自有资金或者其控制的其他会员或者客户的资金，但这种对资金的占用，多数情况下是经期货交易所或者期货经纪公司以明示或者默示的方式许可的。也就是说，如果没有期货交易所或者期货经纪公司的许可，仅有会员或者客户单方的意思表示，会员或者客户根本无法达到非法占用其资金的目的。故事实上根本不存在会员或者客户侵犯期货交易所或者期货经纪公司，以及其他会员或者客户的财产权利的情况（至多是期货交易所和会员，或者期货经纪公司和客户共同侵犯其他会员或者客户财产权利问题），而应是无效融资的民事责任问题。即使因行情的急剧变化，因期货交易实行涨跌停板制度，期货交易所规定的结算准备金比例一般情况下足够会员当日亏损的最大限度。即使因行情变化过大，会员亏损有可能超过最低结算准备金数额，期货交易所亦可通过调整开市收市时间、暂停交易、调整涨跌停板幅度、提高结算准备金数额、限期平仓、强行平仓、限制出金等紧急措施来解决。故不会出现未经期货交易所或者期货经纪公司同意，会员或者客户占用期货交易所或者期货经纪公司资金的情况。故透支交易中同时存在侵权民事责任的说法是站不住脚的，体现的应是违约责任问题。
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