第一，二者的标的资产不同，权证的标的资产较为广泛，既可以是个股，也可以是一篮子股票、股价指数等，而股指期货的标的资产则仅限于股价指数。
第二，权证在到期时，权证持有人可以选择行权，也可以选择放弃行权，当持有人选择行权时，权证的发行人有义务满足持有人的行权要求。而股指期货合约到期时，合约的双方都必须按合约要求进行交割。
第三，权证和股指期货都具有杠杆效应，可以实现“以小博大”的目的，但二者杠杆的原理有本质的不同。权证的杠杆水平取决于权证价格对正股价格的敏感度，需要考虑到权证的行权价格、剩余期限、引伸波幅和行权比例等多种因素，同时波动范围也比较大。价内程度高、剩余期限长的权证有效杠杆水平较低，而价外、剩余期限较短的权证的有效杠杆水平则较高。例如我国目前绝大多数认购证处于深度价内，有效杠杆水平还不到2，而香港市场某些价外认购证的有效杠杆水平甚至可以达到几十。股指期货则是通过实行保证金制度实现投资的杠杆作用，杠杆水平较为固定。
第四，对投资者而言，权证的交易过程中只能先买进，后卖出，没有卖空机制。而股指期货实行双向交易机制，投资者不仅可以先买入，后卖出，还可以先开仓卖出股指期货合约，之后再通过平仓来了结相应的空头头寸。
第五，权证投资者和股指期货投资者所面临的风险不同。对于权证来说，无论正股价格如何变化，权证的买方只承担有限的亏损，最大亏损额也只是所支付的权利金。而股指期货的交易双方权利和义务对等，盈利和亏损的空间都是无限的，另外，由于股指期货所实行的是当日无负债结算制度和保证金制度，因此要及时补足保证金，否则就有被强行平仓的风险。
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