[分析]首先，我们需要搞清楚李某有无委托营业部从事期货交易的法律事实。尽管李某与营业部签订了期货经纪合同，办理了开户申请，并将200万元汇入该期货公司某营业部的账户内，但是，如果该期货公司主张200万元是李某委托该公司进行期货交易的投资款，或者200万元已经在期货交易中亏损殆尽，必须出具李某委托该期货公司进行期货交易的证据材料，即李某委托该期货公司下达的交易指令、李某在每日结算单上的签字以及结算单上所记载的客户盈亏、持仓及开平仓交易情况以及资金结余等。如果该期货公司提供的凭证不足以证明有交易事实的存在，就可以排除李某有期货交易的行为。
其次，在李某和营业部之间，是否形成了借贷关系。如果有借贷关系的存在，更能进一步反驳期货公司主张200万元亏损殆尽的事实。李某出具了王某提供的加盖有该营业部结算专用章的《结算说明》，《结算说明》写道：“原客户李某初始资金为借款，不记作客户保证金”。而且在每月的结算账单上，都显示有固定的3万元利息回报，两者相互印证，恰恰说明营业部向李某借款的事实，而且还能够证明营业部实际履行了付息义务。作为该营业部的负责人，在借款协议书上还加盖了营业部的公章，其行为应属于履行职务相关的行为，依据《民法通则》第四十三条的规定：“企业法人对它的法定代表人和其他工作人员的经营活动，承担民事责任。”因此，可以表明该期货公司和李某之间已经形成了借贷关系，至于该公司其营业部工作人员是否违反其公司内部制度的规定，实属公司内部的法律关系，由公司内部的制度来调整，但不能以此对抗善意第三人。
因此，基于李某和营业部之间的借贷关系已经形成，该期货公司应向李某偿还借款本金的责任。
第三，以期货经纪公司客户的名义汇入的保证金的性质是否可以转化呢？这应视客户的意思表示而定。本案中，若客户以书面形式向营业部声明其汇入的用于期货交易的保证金改作借款提供给营业部，在没有任何期货交易行为的情况下，客户是有权变更其资金用途的。
综上所述，订立了期货经纪合同并不意味着就必然有期货交易行为的发生，只有客户履行了符合期货交易规则的一系列法律行为，才有期货交易法律后果的产生。
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