会员制期货交易所一般设有会员大会、理事会、专业委员会、经营管理层和业务管理部门。其中,会员大会由会员制期货交易所的全体会员组成,它是会员制期货交易所的最高权力机构。理事会是会员大会的常设机构,对会员大会负责,执行会员大会决议。按照国际惯例,理事会由交易所全体会员通过会员大会选举产生。
理事会可根据需要下设若干专门委员会,一般由理事长提议,经理事会同意设立。一般设置监察、交易、会员资格审查、调解、财务、技术等专门委员会。
总经理是负责期货交易所日常经营管理工作的高级管理人员。期货交易所根据工作职能需要设置相关业务部门,一般包括交易、交割、研究发展、市场开发、财务等部门。