1.与其他章节犯罪的法条竞合问题。如叛逃罪与军人叛逃罪；泄露国家秘密罪与泄露军事秘密；擅离、玩忽军事职守罪与玩忽职守罪；阻碍执行军事职务罪与阻碍军人执行职务罪等。
2.本章之罪的主体是现役军人。
3.武器装备肇事罪，与过失致人死亡罪、重大责任事故罪、交通肇事罪、过失爆炸罪等的区别。是否在武器装备的维修、管理、使用中或者在作战、训练的过程中。
4.盗窃、抢夺武器装备、军用物资罪及其与盗窃抢夺枪支、弹药、爆炸物罪和贪污罪的区别。
如阻碍执行军事职务罪与妨害公务罪、阻碍军人执行职务罪，区别在于主体不同。还有如擅离、玩忽军事职守罪与玩忽职守罪；军人叛逃罪与叛逃罪；非法获取军事秘密罪；为境外窃取、刺探、收买、非法提供军事秘密罪；故意泄露军事秘密罪；过失泄露军事秘密罪与其他的涉密犯罪，区别也在于主体不同。本章之罪的主体限于军人，并且属于特别规定，优先适用。
这个罪名涉及与相当多的犯罪的界限问题。如过失致人死亡罪、过失爆炸罪、危险物品肇事罪、交通肇事罪等。如果是军人在武器装备维修、管理过程中，或者在军事训练、执行任务过程中，因使用武器装备不当造成事故的，如人身伤亡、财产损失的，应按照本罪定罪处罚。如坦克轧死人了，或者军用拖车轧死人了，这是什么罪？能定交通肇事罪、过失致人死亡罪吗？不能，是武器装备肇事罪。再如，保养武器擦枪时或者站岗放哨时，违反规定走火打死人了，应当定本罪，不能定过失致人死亡罪。还如，在军事训练的过程中，武器装备火炮、手榴弹等发生爆炸，就不要定过失爆炸罪。如果违反规定有过失的，只能定武器装备肇事罪。
但是，如果军人私自携带枪支出营房（区）、回家探亲时，玩耍枪支过失致人死亡的，应当定过失致人死亡罪，因为这与其职务行为无关。还有，军车在公共道路上违反公共道路交通规则肇事的，应当定交通肇事罪。
注意本罪的几个界限：
（一）与盗窃罪、抢夺罪的区别
要点是对象不同。如果军人盗窃、抢夺武器装备、军用物资以外的物品，数额较大，构成盗窃罪或者抢夺罪。
（二）与盗窃、抢夺枪支、弹药、爆炸物罪的区别
要点是对象不同。如果军人盗窃、抢夺的是武装部队的枪支、弹药、爆炸物的，以盗窃、抢夺枪支、弹药、爆炸物罪论处。可见，本罪的对象实际是除枪支、弹药、爆炸物以外的武器装备、军用物资。
（三）与贪污罪的界限
如果军人利用职务上的便利侵吞、窃取、骗取武器装备、军用物资，符合贪污罪特征的，认定为贪污罪。这里所称的武器装备、军用物资同样不包括枪支、弹药、爆炸物。
刑法第449条规定，在战时，对被判处3年以下有期徒刑没有现实危险宣告缓刑的犯罪军人，允许其戴罪立功，确有立功表现时，可以撤销原判刑罚，不以犯罪论处。1.适用于战时；2.适用于军人；3.戴罪立功，而不是一定期限的考验；4.不以犯罪论，不是原判刑罚不再执行。
一般以“战时”为要件。
其中战时拒绝、逃避征召、军事训练罪，战时拒绝、逃避兵役罪，是典型的不作为犯，行为人构成该罪的，且属于纯正不作为犯。
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