长时期以来，行政机关在实施行政许可中存在的一个主要问题，就是违法实施行政许可，搞暗箱操作，有些行政机关甚至把行政许可作为权力寻租的一种手段，人为地造成个人或者组织在行政许可中的不公平竞争。一些企业和个人为了取得行政许可，还要托关系、给好处，助长了行政许可中腐败现象的蔓延。在一定意义上，可以说行政许可已经成为一个腐败源。行政许可实施中之所以存在腐败现象，从内在原因上看，就是行政机关实施行政许可，只有权力，没有责任，行政许可在一些行政机关及其工作人员心里，只是权力许可，没有成为责任许可。从外在原因上看，就是缺乏一套对行政许可实施机关的健全、完善和有效监督机制。
对行政机关实施行政许可进行监督，主要有以下几种方式：一是权力机关实施监督。但是，权力机关对行政机关实施行政许可的行为不适宜进行经常性的、具体性的监督检查，否则就有干预行政权力的行使之嫌。二是人民法院的监督。但是，人民法院对行政机关实施行政许可的监督，也只能限于对具体诉讼案件的监督，而不适宜进行经常性的具体性的监督。三是平行的行政机关相互之间的监督，但平行的行政机关相互之间的监督，范围比较有限，约束力也不够强。四是群众和当事人的监督。但群众和当事人监督对行政机关的约束力也不够强。除了上述监督方式之外，还有一种重要的监督方式，即上级行政机关的监督。与其他几种监督方式相比，上级行政机关对下级行政机关实施行政许可的监督，是更重要、更日常、更具体和更实际有效的监督。上级行政机关监督检查的这一特点是由我国行政机关上下级之间的领导体制决定的，对此下一个问题将述及。
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