行政长官由年满40周岁，在当地通常居住连续满20年并在外国无居留权的永久性中国公民担任。行政长官由当地通过选举或协商产生，由中央人民政府任命。任期5年，可连任一次。行政长官是特别行政区的首长，代表特别行政区，对中央人民政府和本特别行政区负责。
2、特别行政区政府：
政府是特别行政区的行政机关。行政官员必须是在当地连续居住15年并在外国无居留权的永久性居民中的中国公民担任。
3、特别行政区立法会：
立法会是特别行政区的立法机关，行使立法权、监督权和其他职权。议员一般是由永久性的居民担任。不过在香港，非中国籍的和在外国有居留权的永久性居民在立法会的比例不得超过20％，而在澳门则没有这些资格限制。立法会的任期除第一届另有规定外，每届任期为4年。
4、特别行政区的司法机关：
①香港特别行政区的司法机关
司法机关组织系统是：终审法院、高等法院、区域法院、裁判署法庭和其他专门法庭。高等法院设上诉法庭和原讼法庭。法官是根据当地法官和法律界及其它方面知名人士组成的独立委员会推荐，由行政长官任命。一般终身任职，除法律规定的几种情形外。
②澳门特别行政区的司法机关
澳门设终审法院、中级法院、初级法院和行政法院。澳门还设有检察院。各级法院的法官，根据当地法官、律师和知名人士组成的独立委员会的推荐，由行政长官任命。检察官经检察长提名，由行政长官任命，检察长由行政长官提名，报中央人民政府任命。
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