（一）司法机关
在司法制度上，有这样的一些变化：首先在中央的司法机构上，从唐开始，中央形成了三大司法机关，包括负责审断案件的大理寺、负责复核案件的刑部和负责监察的御史台。到了宋代为了加强皇权对司法的干涉，一度在中央设有审刑院。随着司法制度的完善，自宋以后，地方出现了一级专门的司法机构就是在当时宋代各个“路”以下，他设有四个专门机构，其中一个叫 “提点刑狱司”相当于地方上最高一级司法机构。到了元代叫“肃政廉访司”，到了明清叫做“提刑按察使”。明清两代的中央司法机关有所变化和元代有直接关系。因为入元以后(来源:考试大)，中央的三大司法机关发生变化，如唐代的大理寺，元代未设，却另设了“大宗正府”，专门受理的蒙古王公贵族案件的机关。而一般的案件，都交由刑部，在这种情况下，没有大理寺，刑部就成为了中央的主审机关。御史台仍然存而不改，是中央的主要监察机关。而明代承继了元代机关的变化。虽然明王朝恢复了大理寺，但是大理寺却在不再作为主审机关，承元之旧，仍然以刑部作为主审机关。
明以后的皇朝体制，许多都受到元王朝的影响，例如一些称谓、在政治体制上，原有刑部继承元的体制，仍然以刑部作为主审机关，虽然恢复了大理寺，却成为了复核机关。明清的中央司法机关就变成了主审的刑部，复核的大理寺和负责监察的督察院（就是原来的御史台）从明代开始，改称监察院。
在地方上，明清两国，审级略有不同，明清基本分出督府、州县，从中央到地方的分为四等级。中央的刑部，地方的总督巡府、提刑按察司、州县。
廷杖与厂卫。廷杖。廷杖不始于明，廷杖真正影响和制度化在明代最为突出。廷杖是在朝堂之上杖责大臣。厂卫，是直属皇帝的特务机关。
（二）诉讼制度
明清两代在诉讼上另外一个特点，体现着皇权干预司法的会审制。会审制是指疑难案件，一律要由皇帝指定交办的一个特别的审判组织会同几个中央衙门来共同审理。在会审理，重要的一类形式是秋审。秋审审理的都是死刑案件，到了明末到清，死刑在法典里又分为两类：一类叫立决，另一类叫监后。
在秋审的仪式上，所有的人犯分为四类。一类叫情实，罪情属实、罪名恰当者，奏请执行死刑。第二类叫缓决，案情虽属实、但危害性不大者，可减为流三千里，或发烟瘴极边充军，或再押监候；第三类叫可矜，指案情属实，但有可矜或可疑之处，可免于死刑，一般减或徒、流刑罚；其四留养承嗣，指案情属实、罪名恰当，但有亲老丁单情形，合乎申请留养条件者，按留养奏请皇帝裁决。
诉讼还包括刑训的一些规定。刑讯是古代法律认同的一种正当的获取口供的制度化的做法。如，打棍子。
还有一种措施是回避制度。比如，亲贤回避，师生回避。
