捷克科学院遗传学家吉瑞·福瑞杰特与同事一起，在小鼠身上找到了一个物种形成基因，这是首次在哺乳动物身上发现这种基因。福瑞杰特发现，造成小鼠亚种杂交所生的雄性后代不育的“罪魁祸首”是Prdm9基因。
科学家发现，Prdm9可对一种使很多基因沉默的蛋白质进行编码，这也证实了一种猜测，即基因外改变（影响表现型而不变更基因型之改变）在物种形成中起重要作用。
美国西雅图弗莱德哈金森癌症研究中心遗传学家尼汀·法德尼斯与美国罗切斯特大学的艾伦·奥尔也找到了一个物种形成基因，该基因导致两个亚种果蝇杂交时制造出的后代为雄性，该后代一生中除了老年时期有部分生育能力，其他时期都不具生育能力，且老年时期也只能生育雌性后代。
法德尼斯和奥尔认为，这种特殊杂交后代的存在表明，分离变相因子可能与物种形成有关。分离变相因子是一种基因，它会使拥有它的染色体更频繁地传给后代，在本次研究中它通过控制后代性别来实现。
法德尼斯称，分离变相因子可能会与试图抑制这种分离的基因展开“军备竞赛”，因此可能会进化得很快。虽然有人认为，这种基因和它们的抑制蛋白可能会在导致物种形成的种群中引起功能性分歧，但这一理论还缺乏充分的证据。
这两项研究将为未来发现更多物种形成基因铺平了道路。美国亚利桑那大学小鼠遗传学家米歇尔·纳克曼说：“目前已经鉴别出来的仅是不同种类的功能基因大杂烩，恐怕只有发现更多的基因后才能看出其中的趋势。”
科学家认为，鉴别出更多的基因可让人类更好地理解物种形成。许多遗传学家想要了解的是，是否只是某些如外基因或分离偏向等特定类型的基因对于物种起源很重要，还是存在许多类基因让物种“分道扬镳”。
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