几何异构是由双键或环的刚性或半刚性系统导致分子内旋转受到限制而产生的。由于几何异构体的产生，导致药物结构中的某些官能团在空间排列上的差异，不仅影响药物的理化性质，而且也改变药物的生理活性。例如己烯雌酚，其反式异构体中两个酚羟基排列的空间距离和雌二醇的二个羟基的距离近似，表现出与雌二醇相同医.学教育网搜集整理的生理活性，而顺式异构体中两个羟基的排列距离比较短，而不具有雌激素活性。
2010年西药师药物化学辅导：药物的几何异构与官能团空间距离
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