中药包括中药材、中药饮片、中药提取物和中成药，中药的种植、采摘、加工和炮制等步骤都会影响中药中有效活性成分含量与药效的变化，因此提高中药质量控制标准必须从各个环节人手，才能确保中药质量一致和临床疗效稳定。采用现代分析技术和科学方法全面控制中药的质量，是当代中药研究的方向。
中药化学在中药质量控制中的作用主要体现在，中药指纹图谱中各种色谱法、光谱法、核磁共振波谱、质谱及其联用技术、DNA分子诊断技术、x射线衍射法等现代分析技术的运用。
中药指纹图谱作为整体评价中药质量的有效控制方法，是目前在国内外广泛被接受的全面评价中药质量模式。美国FDA在植物药制品指导原则中允许申报者提供产品的色谱指纹图谱资料，德国药用植物学会、英国草药典、印度草药典以及加拿大药用及芳香植物学会也都把指纹图谱作为质量控制标准的内容之一。中药指纹图谱按测定手段可分为中药化学指纹图谱和中药生物指纹图谱。中药化学指纹图谱是目前主要常用的方法，尤其是色谱和光谱联用技术。最常用的光谱是红外光谱(IR)，最常用的色谱是薄层色谱(TLC)、气相色谱(GC)、高效液相色谱(HPLC)和毛细管电泳(CE)，近来又出现了X射线粉末衍射指纹图谱。
中药化学研究已渗透到了中药研究的各个领域，是影响其他学科发展的重要因素。如中药鉴定学、中药炮制学、中药制剂学、中药分析化学和中药药理学等，在当今多学科相互渗透的时代，中药化学研究是学科间联系的重要工具和桥梁。
中药现代化、国际化离不开中药化学与各相关学科的紧密结合，离开了药效学、毒理学的指导，化学成分研究将成为脱离临床实际的纯学术研究;而缺少化学成分研究的药效学、毒理学研究也只能是不知其原因何在的低水平的重复。通过中药化学与中药现代化、国际化各项工作的紧密结合，完全可以研制出能被国际市场所接受的现代中药制剂，使中药尽快进入国际医药主流市场。
