一般均具次生构造。最外层大多为周皮，由木栓层、木栓形成层及栓内层组成。木栓形成层通常发生于中柱外方部位，形成周皮后原有的表皮及皮层细胞均已死亡脱落；栓内层通常为数列细胞，有的比较发达，又名次生皮层。少数根类中药的次生构造不发达，无周皮而有表皮，如龙胆；或表皮死亡脱落由微木栓化的外皮层细胞行保护作用，称为后生表皮，如细辛；或由皮层的外部细胞木栓化起保护作用，称为后生皮层（Metaderm），如川乌。这些根的内皮层均较明显。
维管束一般为无限外韧型，由初生韧皮部、次生韧皮部、形成层、次生木质部和初生木质部组成。初生韧皮部细胞大多颓废；形成层连续成环，或束间形成层不明显；次生木质部占根的大部分，有导管、管胞、木薄壁细胞或木纤维组成，射线较明显；初生木质部位于中央，其原生木质部束呈星角状，星角的数目随科属种类而不同，有鉴定参考意义，如怀牛膝为二个角，属二原型。双子叶植物根一般无髓；少数次生构造不发达的根初生木质部未分化到中心，中央为薄壁组织区域，形成明显的髓部，如龙胆等。
双子叶植物根除上述正常构造外，还可形成异常构造，主要有下列几种类型：
① 具多环性同心环维管束，如怀牛膝、商陆等。其异常生长是在中央正常维管束形成后，最初由中柱外方部位细胞分裂产生薄壁组织，从中发生新的形成层环，并形成第一轮同心环维管束，以后随着外方薄壁细胞继续分裂，又相继形成第二轮、第三轮等同心环维管束，如此构成多环性同心环维管束的异常构造。原来中柱外方的表皮和皮层随根的增粗早已被崩裂而脱落。
② 在木栓层的内方和韧皮部外侧的薄壁组织中，当根部中央正常维管束形成后，产生新的形成层，形成异常的外韧型维管束。如何首乌。
③ 具内函韧皮部（Included Phloem），就是在次生木质部中包埋有次生韧皮部。这种异常构造是形成层活动不规则的结果，形成层不仅向外也可向内产生韧皮部。如茄科植物华山参等。
④ 木间木栓（interxylary cork），在次生木质部内形成木栓带，称为木间木栓或内涵周皮。木间木栓通常由次考试大，网站收集生木质部的薄壁组织细胞栓化形成。如黄芩的老根中央可见木栓环。有的根中的木间木栓环包围一部分韧皮部和木质部，把维管柱分隔成几个束，如秦艽。
