除少数体液经简单处理后直接测定外，通常在最后一步测定前要采取适当的样品制备，即进行分离、净化、浓集、必要时尚需对待测组分进行化学改性，为测定创造良好条件。
一、样品的制备要考虑：
药物的理化性质、待测物的浓度范围、药物测定的目的、选用的生物体液和组织的类型、样品制备与分析技术的关系。
二、蛋白质的处理：
是测定血浆、血清、全血及组织匀浆等样品中药物时的最先处理步骤。
（一）加入沉淀剂和变性试剂：硫酸铵是经典的蛋白质沉淀剂，它与蛋白质分子竞争系统中水分子，而使蛋白质析出。阴离子型沉淀剂（三氯醋酸、高氯酸、钨酸、焦磷酸）与带电荷的蛋白质在氏于等电点的pH时形成不溶性盐；反之，阳离子型沉淀剂（含锌盐、铜盐）与蛋白质分子中带阴电荷的羧基，在高于蛋白质等电点时，形成不溶性盐。有关机制不十分清楚。
（二）加入可与水混合的有机溶剂：乙醇过量存在时，能使与蛋白结合状态的药物释放可将混合物离心，取上清液（含药），但这不能解决样品的净化问题。蛋白沉淀法对于与蛋白结合力强的药物的回收率较差。也有采用酸消化法（Aciddigestion）使药物自蛋白结合处释出，但常导致药物的分解。
（三）组织的酶消化法：蛋白水解酶（Proteolyticenzyme）中的枯草菌溶素（SubtilisinCarlsberg）不仅可使组织酶解，且可使药物析出。
优点：1、因是在平稳条件下进行的，可避免某些药物在酸中水解及较高温度时降解；
2、可显著改善对蛋白结合率强的药物的回收率；
3、可用有机溶剂直接提取消化液而无乳化生成的危险；
4、在用HPLC时，无需再进行过多的净化操作。缺点是不适用于一些在高pH时易水解的药物。
