抗菌药物滥用的危害不仅导致药品不良事件和药源性疾病的发生，而且会导致对抗菌药物的耐药性，这样的事有逐步增加的趋势，严重威胁着人类的生命。如环丙沙星刚上市时敏感性很高，但短短几年时间耐药率已从零上升为60%～70%甚至更高，同时，也造成严重经济负担。
40年代，青霉素作为最早抗菌药物，成功地解决了临床上金黄色葡萄球菌感染的难题，随后问世的大环内酯类，氨基糖苷类抗生素又使肺炎、肺结核的死亡率降低了80%。那时，曾有人断言，人类战胜细菌的时代已经到来。当时，全球每年死于感染性疾病的人数约为700万，但是，四十年后这一数字猛增至2000万。
老一代的抗菌药物失去了原有作用，新一代的抗菌药物的临床寿命越来越短，院内交叉感染增加。世界卫生组织曾发出警告：“滥用抗生素将使人类回到无抗生素的时代。”正是由于滥用抗生素，一些原本容易治疗的细菌感染性疾病有了新的变化，原本有效的抗菌药物已经不能有效控制感染了，一些致病菌耐药性发生和传播的势头令人瞠目。
滥用抗菌药物对人体有如下危害：
诱发细菌耐药：病原微生物为躲避药物在不断变异，耐药菌株也随之产生。目前，几乎没有一种抗菌药物不存在耐药现象。
损害人体器官：抗菌药在杀菌的同时，也会造成人体损害，如影响肝、肾脏功能、胃肠道反应及引起再生障碍性贫血等。
导致二重感染：在正常情况下，人体的口腔、呼吸道、肠道都有细菌寄生，寄殖菌群在相互拮抗下维持着平衡状态。如果长期使用广谱抗菌药物，敏感菌会被杀灭，而不敏感菌乘机繁殖，未被抑制的细菌、真菌及外来菌也可乘虚而入，诱发又一次的感染。
造成社会危害：滥用抗菌药物可能引起一个地区某些细菌耐药现象的发生，对感染的治疗会变得十分困难，这样发展下去，人类将对细菌束手无策。
