道光十一年（1831年）十月，林则徐被委任为东河总督。道光帝要求林则徐：“子修防要另悉心讲求，亲历查勘”：“一切勉力为之，务除河工积习”。林则徐表示一定做好：“弊除帑节，工固澜安”。林则徐在东河总督任上，对每顶工程他都进行严格的审计监督，以防止工程资金被侵吞，避免劣质工程产生。
一、审计河库专项资金。东河总督下属有四个管河道，各河道“俱有经管河库钱粮，总河有稽查考核之责”。按照工部的规定：“东河各道库贮银两，于年终盘查奏报”。这是要求河道总督，年终时对所属河道库保管的水利工程专顶资金进行审计，并将审计结果报告给皇帝及工部。林则徐接任东河总督的正值年终；于是下发公文，命各河道将库存各款详细造册，报东河总督衙门进行审计。收到运河道、兖沂道、开归道、河北道报送的账册后，林则徐对所有账册进行审核，并于道光十二年正月，先后亲赴运河、兖沂两河道库，对库存专项资金开展就地审计。在审计中，林则徐“当堂查对库册及收支自报库薄，核与现存银数均属相符。逐封弹兑，平色亦皆足实，并无亏短”。林则徐的审计程序可以分为三个步骤：
第一步骤，审核账薄与账薄的对应关系是否相符。也就是用总账“库册”与明细账“收支月报库薄”相核对，检查收支数额是否一致。
第二步骤，在账薄审查合格之后，审核账薄与库银是否相符，核对库银实存有无短亏，相当于现在我们开展的现金审计。
第三步骤，审查银子的成色是否纯净，有无杂质，每锭银子的重量是否足斤足两，这是一件繁琐、费时的审计事顶。
在开展河库专项资金审计中，身为二品官级、封疆大吏的林则徐，是以“主审”的姿志参与审计活动，对各项收支亲自“逐款盘查”。经过严格的审计，证实运河、兖沂两道河库资金设有亏短等问题，据此林则徐向道光帝呈交了专题报告。
二、水利工程施工审计。林则徐担任东河总督之后，没有端坐在总督衙门里，而是长期奔走于大运河、黄河两岸，对水利工程实施就地审计监督。挑挖山东省境内的大运河，是东河总督办理的重要工程。道光十二年正月六日，林则徐亲赴济南城以南十字河一带，继而又赶往北面汶上等处，历时十余天，对挑挖运河的工程质量进行审计监督。林则徐丈量挑挖的尺寸，核对施工标准，审查是否有偷减工程作业量等弊端。在此项审计中，林则徐发现如下问题，并追究了有关人员的责任：
1.有的挑挖地段，其堤岸上的运土道口，作业时被抛了许多泥浆，由于天寒冻成一条条的，叫做“泥龙”，管理挑险工程的官员说，过去的一贯做法是，整个工程完工后再清除泥龙。林则徐认为：泥龙日积日多，整个工程完工后再清除更为费时费事，且一旦赶上春雨，泥龙就有可能被冲进河里，影响工程质量。为此，林则徐下发文件规定：“凡挑完一段即起净一段泥龙”，不许拖延。同时对差官工头，区别情况给予惩戒。
2.林则徐发现：钜嘉讯主簿（九品官）徐恂管理的挑挖工程，有的挑挖地段偏离了设计方位，虽然挑挖的深浅尺寸不差，但没按设计要求挑挖，日久河泥沉积，可能造成河身变窄的后果。林则徐下令免除徐恂的级别，保留职务，督率夫役对不合格的挑挖地段进行改造，待竣工审计时，如果所管挑挖工程合格，则恢复徐恂的主簿级别。
三、水利工程物料审计。为了兴修黄河水利，防止黄河决堤，道光十一年，河南、山东两省黄河沿岸，堆放了当年新购秫秸等物料七千余垛，东河总督对于这些物料负有审计监督职责。
林则徐认为：物料是兴修水利工程和防洪的基础，如果物料质量好、数量足，防洪抗险时就可以应对自如。如果在开展物料审计时，对以虚作实、以旧作新的行为不予严肃查处，就会使国家资金被侵责，最终导致水利、防产工程遭受损失。
对于新购办的七千余垛物料，林则徐没有时间逐一亲查，于是责成下属的管河道进行审计。林则徐从道光十二年一月二十二日至二月二十七日，用了一个多月时间，抽查审计了十五个管河厅所购办的秫秸料垛。在审计中，林则徐注意查处“中填碎料杂草以衬高宽，旁插短节秸根以掩空洞”等舞弊行为。在堆放物料的现场，林则徐“于每垛夹档之中，逐一穿行，量其高宽丈尺，相其新旧虚实，有松即抽，有疑即拆，按垛以计束，按束以称斤，无一垛不量，亦无一厅不拆”。据此可以说，林则徐对水利工程物资的审计，不是走马观花而是身体力行。因而也发现一些问题，并进行了处理：如有的物料堆放不合规格，就命令拆改重堆；有的探底潮湿造成物资霉变，就追究主管官员的行政责任。
总之，虽然林则徐担任河道总督不及一年，但他认事开展水利工程审计的态度值得称颂。
