但是，支付结算工作仍存在不少问题，表现在：一是结算纪律松弛，压票退票、无理拒付和拖延付款的现象时有发生，损害了银行信誉；违规办理支付结算业务，造成大量的票据结算纠纷；放松审查，监督不严，致使一些不法分子利用支付结算和联行诈骗、盗用银行和客户资金，给国家和人民财产造成巨大损失。二是支付结算的监管仍带有很浓的行政色彩，支付结算监管的手段不够先进，还是停留在以手工方式为主的初级阶段，监管的技术手段和信息手段应用不足，支付结算监管的科技含量不高。
存在这些问题的原因是多方面的。当前，我国票据制度还不够发达，支付结算法规制度不够健全完善，支付结算远不能适应逐步市场化的经济、金融发展的要求。另一方面，现行的结算监管思想和监管方式无不带有手工操作时代的烙印。对先进结算手段的应用存在严重的思想障碍，对商业银行会计结算手段的快速改进缺乏灵敏有效的反映。相应的制度规范往往滞后于商业银行业务的发展速度。我国即将加入WTO，金融业面临着前所未有的机遇和挑战，支付结算也同样面临着不可回避的现实。需要认真研究有效措施，尽快扭转支付结算监管的被动局面。
一、尽快完善支付结算法规体系，加大支付结算的法规约束力
“没有规矩无以成方圆”。健全完善的支付结算法规，是支付结算正常有序进行的根本保证。目前，我国的支付结算法规尚不够完善，比如我国《票据法》一方面强调票据的无因性，但又在很多条款中加入了票据基础关系的内容，将票据的无因性和票据的原因关系、资金关系等混同在同一部法律当中，在一定程度上影响了票据无因性特征的发挥，不利于票据的流通转让。这不能不说是《票据法》的一大缺憾。我国对票据的使用和签发还有不少限制和行政干预，实质上是限制了公民进行民事活动的权利，不符合建立市场化票据制度的要求，必然对票据的广泛运用产生不利影响。同时《票据法》及与之配套的票据规章对票据的一些具体制度的规定过于笼统，在票据实务中难以操作等等。因此，建立和完善支付结算法规体系，首先必须尽快参照国际票据法公约和WTO成员国《票据法》的规定，对我国《票据法》加以修订和完善，使之符合国际惯例。其次，要提升与《票据法》相配套的法规制度的层次，加大支付结算的法规约束力。重点是尽快制定《支付结算管理条例》，明确各种支付工具当事人的权利、义务、责任，规范结算行为；制定《银行账户管理条例》，确定银行账户管理的主体，明确银行、工商、税务、开户单位等各方的权利、义务、责任，规范账户的开立、使用，打击利用银行账户进行逃贷、躲债、避税、骗汇以及洗钱等违法犯罪行为；制定《违反支付结算制度处罚条例》，加大对违反支付结算制度、破坏支付结算秩序行为的处罚力度；制定支付结算业务准入、退出的管理规定，严格市场准入和退出，维护结算当事人的合法权益，防范支付风险。更为迫切的是，要对目前继续有效的涉及支付结算的法律，如民事诉讼法规定的“公示催告”制度与《票据法》规定的银行汇票划款方式之间的冲突，关于对空白票据凭证用纸随意进行“公示催告”的问题，关于诉讼保全对票据的“冻结”与票据流通转让特点之间的冲突等，作出修订或由最高人民法院作出新的司法解释，以减少银行协助司法执行的难度。
二、实现支付结算监管工作重点的转移
随着科学技术的发展，新知识、新技术层出不穷，支付结算必须运用最新的科技手段，改变落后的被动局面。人民银行应尽快实现结算工作重点的转移，不断提高支付结算的科技含量，促进资金的快速周转。一是要转变观念，充分利用计算机网络资源强化对支付结算的管理，实现支付结算监管的现代化。二是大力宣传和加快推广应用支付密码。由于现行的图章印鉴难以起到防伪作用，诈骗银行和客户资金的经济案件时有发生。为适应商业银行通存通兑和现代化支付系统建设的需要，保证银行和客户资金安全，应当尽早确立支付密码的法律地位，制定支付密码的业务技术标准，加快支付密码的推广应用。三是研究电子商务的发展给支付结算带来的影响，密切关注商业银行网上支付业务的发展态势，制定关于网上支付的管理法规，加强监督管理。制定电子签名或数字签名的相关规定，推动网上支付业务和电子商务的发展。四是督促商业银行利用行内电子汇兑系统和综合业务处理系统，向企业和个人开办“企业银行”和“家庭银行”的终端服务，使存款人足不出户就可以完成一切资金结算，加快资金周转。
三、进一步强化对支付结算的监督管理
有了完备的支付结算法规，还必须依靠强有力的监管付诸实施。首先，商业银行必须加强内部的监管，尽快形成行业自律机制。商业银行应当加强对员工的效率观念、纪律观念、竞争观念和赢利观念的教育，严格内控制度，以一流的服务质量、超前的经营理念、强烈的风险意识，依法合规开展业务，防止盲目竞争。商业银行应尽快改变重财务轻结算的现状，大力开展业务创新，拓展中间业务，创造新的赢利增长点。其次，中央银行的结算监管，是保证支付结算正常进行的关键，人民银行必须加大结算监管的力度，进一步增强对违反支付结算法规的处罚力度，重点做好非现场的监管，实施大额交易与可疑交易报告制度，实施对非法交易的监控。确立真名开户制度，建立配套的客户身份确认规程，实现交易的合法化和不可抵赖性。
四、加速培育社会信用
当前支付结算中存在的随意拒付、无理退票，无一不与目前的社会信用状况有关。一些单位逃贷、躲债、避税，甚至利用结算进行洗钱等违法犯罪活动，也与商业信用的脆弱有密切关联。应当利用支付结算加速培育社会信用。一是建立全国统一共享的金融信息系统和现代化支付清算系统。其中包括完善银行信贷登记咨询系统建设，实现所有金融机构在授权范围内可随时查询与其有信贷关系企业的资信状况。加快推进银行个人信用信息系统建设，实现对个人信贷和信用卡信息的监控，逐步实现全国联网、异地查询等。二是规范银行账单户的管理，严格账单户的开立和使用，尽快建立完备的银行账单户管理数据库，与同城票据交换系统（在国家现代化支付系统建成运行后与支付系统）连接，实施对非法账单户和违规违法支付的监督管理。三是将逃贷、躲债、避税、随意签发空头支票和进行洗钱犯罪的企业和个人名单向社会公布，强化社会舆论监督，促进社会信用秩序的好转。
